Entre septiembre y enero de este año, los visones de tres granjas polacas dieron positivo por el coronavirus pandémico, SARS-CoV-2, lo que presenta un misterio preocupante sobre cómo se infectaron los animales.

Las infecciones por SARS-CoV-2 en visones no son particularmente notables ni preocupantes por sí solas; está bien establecido que los visones son susceptibles al virus. La realización temprana de la pandemia resultó en sacrificios extensivos en Dinamarca y los Países Bajos durante 2020 y condujo a un monitoreo y regulación intensivos de los rebaños de visones restantes en muchos lugares, incluida Polonia.

Pero los casos recientes en visones polacos, informados esta semana en la revista Eurosurveillance, son inusuales. Si bien los brotes anteriores de visones se han relacionado con trabajadores agrícolas infectados y la circulación local del virus, lo que indica la propagación de humano a visón, ninguno de los trabajadores agrícolas o familias en las granjas afectadas recientemente dieron positivo por el virus. De hecho, los investigadores de salud encontraron que el visón infectado portaba una cepa de SARS-CoV-2 que no se había visto en humanos en la región en más de dos años (B.1.1.307).

El hallazgo sugiere que los humanos no fueron responsables de infectar al visón, al menos no directamente. Más bien, sugiere que otra especie desconocida pudo haber estado albergando y propagando sigilosamente la cepa que de otro modo sería pasada durante algún tiempo y logró llevarla a las granjas de visones.

La sugerencia genera más preocupación sobre el «derrame viral». El término se relaciona con el «desbordamiento» más reconocido, cuando un virus salta de una población huésped, un reservorio, a una nueva población, como los humanos. Se cree que el SARS-CoV-2 se originó en un reservorio de murciélagos de herradura antes de llegar a los humanos. Desde entonces, está claro que también puede infectar a una amplia gama de animales, incluidos roedores, gatos, perros, venados de cola blanca, primates no humanos, hurones y visones. Los investigadores temen que el virus pueda volver a una población animal que podría convertirse en un nuevo reservorio desde el cual el virus podría regresar periódicamente a los humanos.

Este temor llamó la atención cuando la variante omicron surgió abruptamente con su conjunto sorprendentemente grande de cambios genéticos. Algunos investigadores especularon que omicron podría haberse propagado y evolucionado crípticamente en ratones antes de volver a infectar a los humanos. Otros investigadores, sin embargo, plantean la hipótesis de que la variante evolucionó en una persona inmunodeprimida.

Casos crípticos

El visón de granja en Polonia destaca nuevamente el riesgo de derrames al sugerir un reservorio desconocido de SARS-CoV-2 en animales salvajes. En una investigación, los investigadores del Instituto Nacional de Investigación Veterinaria y el Centro Médico de la Universidad Erasmus analizaron casos en tres granjas a 8 km (unas 5 millas) entre sí. La primera granja reportó dos visones infectados (de 15 examinados y alrededor de 8650 animales en total) el 19 de septiembre, pero posteriormente dieron negativo y fueron apedreados según lo programado. El 16 de noviembre, una segunda granja con 4000 visones reportó seis animales infectados de los 15 examinados, y fueron apedreados con precauciones. La tercera granja, con 1100 visones, encontró 15 animales infectados de los 15 examinados el 18 de enero, pero posteriormente dieron negativo en dos rondas de pruebas en 50 días. Todos los animales infectados en las tres granjas estaban asintomáticos.

Los investigadores obtuvieron ocho secuencias genómicas completas, cuatro de cada una de las granjas segunda y tercera; no había suficiente material genético en las muestras de la primera granja. Las secuencias del genoma mostraron que eran casi idénticos y más parecidos al linaje B.1.1.307, que no se había visto en humanos en Polonia en más de dos años. Los virus también tenían 40 pequeñas mutaciones genéticas, algunas de las cuales se asociaron previamente con la circulación en visones, y podrían haberse adquirido rápidamente. Ninguna de las familias o trabajadores de los agricultores dio positivo por SARS-CoV-2 en ninguna de las tres granjas.

Los investigadores notaron que las tres granjas tenían vallas de hormigón de 1,8 metros (6 pies) de alto y de unos 30 a 40 cm (alrededor de un pie) de profundidad. No hubo evidencia de animales excavando debajo de las cercas, pero los investigadores notaron ramas de árboles que sobresalían y que podrían haber creado una ruta para los animales salvajes. Las entrevistas con los propietarios y el personal revelaron que las granjas eran visitadas ocasionalmente por martas salvajes, carnívoros parecidos a comadrejas. Y también había gatos salvajes alrededor. Los investigadores probaron los excrementos de gatos salvajes en las granjas, pero descubrieron que eran negativos para el SARS-CoV-2.

Los investigadores concluyeron que un animal salvaje, posiblemente martas, gatos salvajes o incluso visones escapados, podría haber propagado crípticamente el linaje del SARS-CoV-2 y haberlo introducido en las tres granjas vecinas en ocasiones separadas. Pidieron más vigilancia, no solo en las granjas de visones, sino también en las poblaciones de animales salvajes, como martas, turones y zorros.

«Los animales de las granjas de visones positivos para SARS-CoV-2 no mostraron signos de enfermedad, lo que crea la posibilidad de una evolución viral independiente y puede establecer una fuente para futuros brotes con nuevas cepas», escribieron.

Los datos genéticos recién obtenidos del Centro Chino para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC de China) vinculan el coronavirus pandémico SARS-CoV-2 con animales, específicamente perros mapaches, en el Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan en Wuhan, donde se concentraron los primeros casos de COVID-19 , dijo un grupo de científicos independientes a la Organización Mundial de la Salud esta semana.

Los datos genéticos provinieron de hisopos ambientales recolectados en el mercado por China CDC en enero de 2020. La existencia de estos hisopos se conocía previamente, al igual que el hecho de que eran positivos para material genético de SARS-CoV-2. Pero a fines de enero de este año, los científicos de los CDC de China cargaron, y luego eliminaron, datos genéticos adicionales de estos hisopos a una base de datos genética pública llamada GISAID, dijo la OMS. Esos datos adicionales, que no se habían divulgado previamente, indican que los hisopos positivos para SARS-CoV-2 también contenían material genético de humanos y animales, en particular grandes cantidades de material genético que se asemeja mucho al de los perros mapaches.

Se sabe que los perros mapaches, animales parecidos a zorros cuyas caras se parecen mucho a las de los mapaches, son susceptibles a la infección por SARS-CoV-2 y se sabía que se vendían en el mercado.

Esta combinación tan cercana de material genético del virus y un animal susceptible en el epicentro del brote proporciona evidencia adicional, aunque aún no concluyente, en apoyo de una hipótesis de propagación natural en lugar de la principal hipótesis en competencia de una brecha de bioseguridad en el laboratorio, es decir, un » fuga de laboratorio». Estudios genéticos anteriores habían identificado dos linajes genéticos de SARS-CoV-2 en personas al principio de la pandemia, lo que sugiere dos saltos de especies cruzadas separadas a los humanos.

En un escenario de propagación, el virus podría haber saltado a los humanos desde su reservorio en murciélagos a través de perros mapaches, que se considerarían un huésped intermedio. Así es como muchos virus animales se trasladan a los humanos, particularmente los coronavirus relacionados con el SARS-CoV-2. Después del brote de SARS de 2003 causado por SARS-CoV-1, los datos sugirieron que las civetas de palma enmascaradas y potencialmente otros animales salvajes, incluido un perro mapache, actuaron como huéspedes intermedios en un mercado de animales salvajes muy parecido al mercado de Huanan. También se sabe que otro coronavirus, MERS-CoV, que causa el síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), se transmite a las personas a través de los dromedarios.

Investigación de datos

Los datos genéticos recientemente descubiertos del mercado de Huanan aún no se han puesto a disposición del público, y gran parte de lo que se sabe proviene de los informes de los medios sobre los datos. The Atlantic fue el primero en reportar la existencia de los datos el jueves.

Pero la OMS confirmó en una conferencia de prensa el viernes que se había enterado de los datos el domingo y el martes reunió a SAGO, el Grupo Asesor Científico de la agencia para los Orígenes de Nuevos Patógenos. En esa reunión, los científicos internacionales que pudieron descargar los datos antes de que fueran eliminados de GISAID presentaron su análisis preliminar al grupo asesor.

Los científicos que trabajan en el análisis incluyen a Michael Worobey, biólogo evolutivo de la Universidad de Arizona; Kristian Andersen, virólogo del Instituto de Investigación Scripps en California; Edward Holmes, biólogo de la Universidad de Sydney; y Angela Rasmussen, viróloga de la Organización de Vacunas y Enfermedades Infecciosas de la Universidad de Saskatchewan en Canadá.

A Florence Débarre, una teórica que se especializa en biología evolutiva y trabaja en el CNRS, la agencia nacional de investigación francesa, se le atribuye la investigación de datos que inicialmente descubrió los datos de GISAID a principios de marzo antes de que fueran eliminados.

Según los informes de los medios, los datos se quitaron de GISAID después de que los científicos internacionales que analizaban los datos se pusieran en contacto con los CDC de China para colaborar.

«El gran problema en este momento es que estos datos existen y que no están fácilmente disponibles para la comunidad internacional. Esto es, ante todo, absolutamente crítico, sin mencionar que debería haber estado disponible años antes», Maria Van Kerkhove, la El líder técnico de la OMS sobre COVID-19, dijo el viernes.

A lo largo de las investigaciones sobre los orígenes del SARS-CoV-2, China ha impulsado la dudosa hipótesis de que el virus se originó completamente fuera de sus fronteras, lo que sugiere en un momento que llegó al mercado de Huanan a través de alimentos congelados importados. Ha rechazado enérgicamente las sugerencias de una posible fuga de laboratorio y previamente había negado la existencia de animales salvajes en Huanan que podrían haber actuado como huéspedes intermedios.

El director general de la OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, se hizo eco de la frustración de Van Kerkhove y enfatizó que la agencia ha presionado nuevamente a China por la transparencia.

«Estos datos podrían haberse compartido, y deberían haberse compartido, hace tres años», dijo Tedros el viernes. «Seguimos pidiendo a China que sea transparente en el intercambio de datos y que realice las investigaciones necesarias y comparta los resultados. Comprender cómo comenzó la pandemia sigue siendo un imperativo tanto moral como científico».

En una pequeña prueba, las aguas residuales de los aviones demostraron ser fáciles y útiles para monitorear las variantes del SARS-CoV-2 que aterrizan en los EE. UU., informaron el jueves los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades.

El estudio encontró que la prueba se podía hacer de manera fácil y económica; solo agregó alrededor de tres minutos adicionales a los tiempos de mantenimiento de aeronaves en los aeropuertos y no requirió molestar a los pasajeros con hisopos nasales u otros métodos de muestreo. Además, las pruebas podrían ampliarse fácilmente según sea necesario, ya que el mundo abandona en gran medida otras estrategias de prueba y monitoreo del SARS-CoV-2, concluyeron los autores de los CDC.

«Esta investigación demostró la viabilidad de la vigilancia de las aguas residuales de las aeronaves como un enfoque de bajos recursos en comparación con las pruebas individuales para monitorear las variantes del SARS-CoV-2 sin la participación directa de los viajeros ni la interrupción de las operaciones del aeropuerto», concluyeron los autores.

El CDC realizó el estudio en colaboración con la empresa de biotecnología Ginkgo Bioworks. Juntos, recolectaron y analizaron muestras de aguas residuales de 80 vuelos al Aeropuerto Internacional John F. Kennedy de la ciudad de Nueva York entre el 1 de agosto y el 9 de septiembre de 2022. Todos los vuelos fueron internacionales, con origen en el Reino Unido, los Países Bajos y Francia.

En general, 65 muestras de aguas residuales en el aire de 80 vuelos (81 por ciento) dieron positivo para SARS-CoV-2. La tasa de muestras positivas fue la misma entre los tres países: las muestras de los Países Bajos fueron positivas en un 81 por ciento, con 22 de 27 muestras positivas; también Francia, con 22 de 27 muestras positivas; al igual que Reino Unido, con 21 de 26 muestras positivas.

Los investigadores pudieron obtener 27 secuencias genómicas de 25 de las muestras. Todos los genomas revelaron sublinajes omicron, principalmente BA.5, así como BA.4.6 y BA.2.75.

El estudio se suma a otras pruebas de que la vigilancia de las aguas residuales de los aeropuertos y las aeronaves puede desempeñar un papel en el seguimiento de la propagación de patógenos, como el SARS-CoV-2. Y encaja con los esfuerzos más grandes de la era de la pandemia por parte de los CDC para combinar el muestreo de aguas residuales en sus sistemas de vigilancia de patógenos.

Esto ha resultado útil en varios lugares del país para monitorear los primeros brotes de COVID-19, así como para rastrear la propagación de la poliomielitis en Nueva York. En el caso del SARS-CoV-2, la eliminación viral en las heces puede comenzar muy temprano en una infección, posiblemente antes de que la persona tenga síntomas.

Hay limitaciones a la vigilancia de aeronaves, por supuesto. Será más útil para vuelos más largos, donde es más probable que las personas usen el baño. Y no está claro si todas las aerolíneas estarán de acuerdo con el muestreo. Por último, debido a que los viajeros internacionales pueden tener varios vuelos de conexión antes de llegar a los EE. UU., es posible que no sea posible rastrear el origen de las variantes que llegan a los EE. UU.

Aún así, los autores dicen que la vigilancia tiene su lugar. «En combinación con la vigilancia basada en viajeros, el monitoreo de aguas residuales de aeronaves puede proporcionar un sistema de alerta temprana complementario para la detección de variantes de SARS-CoV-2 y otros patógenos de interés para la salud pública».

El período de incubación de la COVID-19, el tiempo entre el momento en que el SARS-CoV-2 infecta por primera vez a una persona y la aparición de los primeros síntomas de la COVID-19, se ha acortado gradualmente a medida que la pandemia se ha extendido y el virus ha mutado. Eso es según un nuevo metanálisis publicado esta semana en JAMA Network Open por investigadores en Beijing, quienes recopilaron datos sobre más de 8,000 pacientes de 142 estudios de COVID-19.

Cuando la versión original del nuevo virus salió de Wuhan, China, el período medio de incubación fue de 6,65 días, según datos agrupados de 119 estudios. Pero luego, el período de incubación se acortó a medida que evolucionaron las variantes. La variante alfa tuvo una incubación media de 5 días, según un estudio; beta, 4,5 días, según otro; delta tuvo una media de 4,41 días, según los datos agrupados de seis estudios; y ahora con omicron, el período de incubación se ha reducido a 3,42 días, según datos de cinco estudios.

El período de incubación acortado actual ahora pone al SARS-CoV-2 más en línea con los virus respiratorios comunes, incluidos los cuatro coronavirus humanos que circulan estacionalmente y causan infecciones leves similares al resfriado común. Su periodo de incubación es de 3,2 días. El rinovirus, la causa más común del resfriado común, tiene un período de incubación promedio de 1,4 días. Para influenza puede variar de 1,43 a 1,64 días y parainfluenza tiene una media de 2,6 días.

Mejor o peor

En cuanto a la gravedad de la enfermedad, la importancia de un período de incubación más corto no está del todo clara, lo cual se demostró en los estudios incluidos en el metanálisis que dividió a grupos específicos de personas, incluidos adultos mayores, niños y personas que desarrollaron COVID grave -19.

Por ejemplo, los datos agrupados de ocho estudios que estimaron el período de incubación solo en personas mayores de 60 años, personas que se encuentran en alto riesgo de COVID-19 grave— descubrió que tendían a tener períodos de incubación ligeramente más largos, con una media de 7,43 días. Esto encaja con datos anteriores, que encontraron que los adultos mayores también tenían períodos de incubación más largos en el brote original del virus del SARS a principios de la década de 2000. Los investigadores de entonces y ahora especulan que un período de incubación más prolongado en adultos mayores refleja respuestas inmunitarias más lentas al virus.

Pero los niños, que están en un nivel relativamente bajo riesgo de COVID-19 grave, también tendía a tener períodos de incubación relativamente más largos con el SARS-CoV-2. Su período medio de incubación fue de 8,82 días, según los datos agrupados de ocho estudios. Los autores especulan que esto puede deberse a que los síntomas en los niños son tan leves que la detección de los síntomas de COVID-19 puede retrasarse.

Para complicar aún más el panorama, hay datos agrupados de seis estudios que analizaron específicamente los períodos de incubación en personas que desarrollaron una enfermedad grave y aquellas que desarrollaron una enfermedad no grave. En esta comparación, los pacientes con COVID-19 grave tendieron a tener períodos de incubación más cortos (6,69 días) que aquellos con casos no graves (6,99 días). Los autores del metanálisis especulan que esto podría estar relacionado con las personas con enfermedad grave que comienzan con más células inicialmente infectadas con el virus que aquellas que solo tienen una enfermedad leve.

«Gran significado»

En general, la compleja relación entre el tiempo de incubación y la gravedad de la COVID-19 destaca que la enfermedad depende de una variedad de factores, en particular factores relacionados con el virus (es decir, la virulencia del virus y la dosis infecciosa) y factores específicos del huésped humano (es decir, funcionamiento del sistema inmunitario e inmunidad previa frente a infecciones o vacunas). Se considera que Omicron, la variante más reciente y la que tiene el período de incubación más corto hasta el momento, causa una enfermedad relativamente leve. Pero también apareció después de una vacunación generalizada e infecciones previas, que generalmente protegen contra enfermedades graves.

Aún así, a pesar de la complejidad, el período de incubación es «uno de los parámetros epidemiológicos más importantes de las enfermedades infecciosas», escriben los autores. «El conocimiento del período de incubación de la enfermedad es de gran importancia para la definición de casos, el manejo de amenazas emergentes, la estimación de la duración del seguimiento para el rastreo de contactos y la detección de casos secundarios, y el establecimiento de programas de salud pública destinados a reducir la transmisión local». como el distanciamiento social, el aislamiento, los mandatos de máscara facial y la cuarentena. Esto es particularmente clave para el SARS-CoV-2, que ha demostrado ser muy eficaz en la transmisión presintomática.

El metanálisis tiene varias limitaciones. Al igual que todos los metanálisis, recopiló datos de diversos conjuntos de datos de estudios realizados en muchos países diferentes, lo que generó la posibilidad de variables de confusión. Algunos de los datos también se basaron en el recuerdo de las personas de las fechas de exposición. Por último, la mayoría de los estudios incluidos en el análisis se realizaron durante la versión inicial del SARS-CoV-2. Por lo tanto, las estimaciones de los períodos de incubación de las variantes más recientes se basaron en menos datos. Sin embargo, el hallazgo general del metanálisis se ha hecho eco de otros que encontraron que el período de incubación se ha acortado durante la pandemia y, en la era de omicron, ahora está en el rango de tres a cuatro días.