La historia de «Godzilla vs. King Ghidorah» es loca. Seres del futuro llegan a Japón y explican que, en su tiempo, la Tierra ha sido completamente devastada por Godzilla. Explican que Godzilla nació de un dinosaurio aún vivo parecido a un tiranosaurio que estuvo expuesto a una explosión nuclear en la década de 1940 y que si retroceden en el tiempo y matan a ese dinosaurio, Godzilla ya no existirá. Resulta, sin embargo, que los viajeros del tiempo, llamados futuristas, tienen un siniestro plan secundario; Dejarán un trío de lindos monstruos con colmillos llamados Dorats en la década de 1940, sabiendo que exponerlos a la radiación de la década de 1940 creará al Rey Ghidorah. Efectivamente, en el presente, los futuristas han manifestado al Rey Ghidorah y tienen la intención de utilizarlo para dominar el mundo. Por suerte, en los años 40, los futuristas sólo hirieron a ese tiranosaurio, y el gobierno japonés se moviliza para encontrarlo, irradiarlo, recrear a Godzilla y tener un guerrero para luchar contra el rey Ghidorah.
Omori recuerda una conversación que tuvo con Tomoyuki Tanaka, quien estaba desconcertado sobre cómo una película estadounidense sobre viajes en el tiempo podría tener más éxito que «Godzilla vs. Biollante». Él dijo:
«Al mismo tiempo que ‘Godzilla vs. Biollante’, ‘Regreso al futuro II’ se proyectaba en los cines. Cuando mi productor Tanaka fue a una sala de cine, notó que esta película tenía más asistencia. Preguntó: ‘ ¿Porque eso?’ Le dije: ‘Sí, hay elementos de viajes en el tiempo, lo que probablemente atraiga a los jóvenes'».
Ni siquiera Godzilla fue inmune a la persecución de tendencias. Si las historias de viajes en el tiempo eran de rigor, entonces Godzilla se iba a enredar en la causalidad.