«El fantasma en la máquina» fue dirigida por Milan Cheylov (uno de los 10 episodios de «Bones» que dirigió), quien tuvo que crear un lenguaje visual distinto. El episodio está filmado casi en su totalidad a través de tomas POV desde la perspectiva del cráneo de Colin, y los personajes a menudo le hablan directamente al cráneo. Para imitar el punto de vista de un ser humano, el encuadre es impreciso y la cámara a veces tiembla (presumiblemente era portátil). Qué es suaves son las cacerolas; la cámara se mueve sobre un eje de 360 grados, cambiando de vista rápidamente como un ojo errante.
El episodio hace no desarrollarse en tiempo real (habría demasiado tiempo de inactividad para caber en 40 minutos). Entonces, en lugar de simples cortes, las transiciones se realizan a través de columnas de humo etéreo, que contaminan el marco y luego desaparecen para revelar la nueva ubicación. Hanson admitió a THR que el concepto no fue fácil de ejecutar: «[Executive producer Stephen Nathan] Me costó mucho cortarlo y [Cheylov and his crew] Me costó mucho filmarlo. Me metí en un rincón bastante estilístico. Todos tuvieron que ayudarme».
Como señal de que Hanson finalmente necesitaba escapar de ese rincón para resolver el episodio, su guión solo permanece confinado en el laboratorio durante los primeros dos tercios del episodio. En los últimos 15 minutos, Bones lleva el cráneo a casa, convencida de que la «presencia» de Colin la motivará a llevar adelante el caso. Luego, cuando tienen inmovilizado a los sospechosos, vemos el interrogatorio y la confesión gracias a que la calavera está en la habitación como táctica de interrogatorio.