En la superficie, el título «Dead Reckoning» tiene un significado bastante directo que se aborda y se hace referencia en los minutos iniciales durante una secuencia tensa a bordo de un submarino ruso llamado Sebastopol. La nave furtiva es completamente indetectable, gracias a una versión más analógica de la Entidad escondida debajo de las cubiertas. Por lo tanto, los tripulantes a bordo se sorprenden al saber que han sido descubiertos y comienzan a tomar contramedidas contra otro submarino atacante que se les acerca. Durante esta secuencia de apertura, el comandante del submarino usa la frase «estimación muerta», marcando la primera vez que la frase se dice en voz alta.
Hablando con Empire el último Día de Acción de Gracias, McQuarrie ofreció una idea de la decisión de usar este título en particular y cómo se relaciona con los aspectos técnicos y emocionales de la película:
«Hay muchas cosas que emergen del pasado de Ethan. ‘Estimación’ es un término de navegación. Significa que estás eligiendo un rumbo basado únicamente en tu última posición conocida y eso se convierte en una gran metáfora no solo para Ethan, sino también para varios personajes».
La secuencia del submarino se toma directamente de los thrillers de espías de principios de los 90 como «La caza del Octubre Rojo», y procede a ofrecer un giro inteligente que está en línea con las introducciones anteriores de «Misión: Imposible» que sacan la alfombra de debajo de la audiencia. Después de que el Sebastopol intercambia disparos de torpedos con el submarino enemigo, desaparece, y la tripulación se da cuenta de que, en primer lugar, nunca estuvo allí. La Entidad decidió volverse rebelde, creando un submarino fantasma para hacer que Sebastopol pensara que en realidad había una amenaza real cuando no la había.
Volviendo al mundo de «Misión: Imposible» por primera vez desde el original de Brian DePalma, se revela que el director de la CIA Kittridge (Henry Czerny) y su misterioso superior Denlinger (Cary Elwes) estuvieron moviendo los hilos todo el tiempo, hasta que fueron superados por la entidad. Es una configuración inteligente que muestra que tanto Kittridge como Ethan tendrán que enfrentarse nuevamente una vez que sus caminos inevitablemente comiencen a cruzarse.