«Shogun» da un tinte personal a los acontecimientos que azotan el Castillo de Osaka tras la muerte del Taiko, donde se produce un enfrentamiento mortal entre Lord Toranaga (Hiroyuki Sanada) y cuatro señores feudales: Ishido (Takehiro Hira), Kiyama (Hiromoto Ida ), Sugiyama (Toshi Toda) y Ohno (Takeshi Kurokawa). Los cinco forman parte del Consejo de Regentes, que fue formado por el Taiko antes de su muerte para garantizar la paz en la nación hasta que su heredero alcance la mayoría de edad. Esta alianza siempre había sido incómoda, especialmente con Toranaga e Ishido enfrentados por ambiciones políticas en conflicto, y ahora, el consejo quiere votar a favor de la ejecución de Toranaga con el pretexto de que ha sobrepasado enormemente sus límites como daimyo.
Para comprender mejor la complicada situación, hay que echar un breve vistazo al Consejo de Regentes de la vida real y al eventual colapso del sistema feudal en Japón. Toranaga se basa en el daimyo Tokugawa Ieyasu, quien lideró una batalla contra Ishida Mitsunari (Ishido en el programa) y sus leales, y esta victoria condujo al surgimiento del influyente shogunato Tokugawa durante el período Edo. Los tensos enfrentamientos políticos entre Tokugawa y el resto del Consejo fueron sin duda más complicados que en el programa, pero el punto clave de interés es que Tokugawa contó con la ayuda de William Adams, ya que la presencia del navegante ayudó a cambiar el rumbo de la historia.
En «Shogun», Toranaga es rehén en Osaka después de que el Consejo planea matarlo, aunque aún no han emitido un voto oficial a favor de esa decisión. Mientras tanto, el Erasmus se estrella en la costa japonesa y John se ve sometido a los caprichos del samurái local Omi y su tío, Yabushige (Tadanobu Asano), que desea ocultar este acontecimiento a Toranaga.