En Fusión Metroid, la cazarrecompensas interestelar Samus Aran es atacada por un parásito X mientras explora el misterioso planeta SR388. Este organismo no solo es letal, sino que puede imitar las habilidades de cualquier criatura a la que infecte, ¡incluida la propia Samus! Salvada del borde gracias a una infusión de ADN de Metroid, el único depredador natural del parásito X, pronto descubre que el parásito se ha extendido a la estación de investigación que orbita SR388. Debilitada y sin opciones, Samus debe hacer lo que sea necesario para destruir la amenaza X antes de que sea demasiado tarde.