Han pasado 12 años desde que su hija Harper y su hijo Gideon nacieron en octubre de 2010 a través de una madre sustituta. A través de la inseminación artificial, Neil Patrick Harris y David Burtka son padres de un niño cada uno. Harper y Gideon son medio gemelos y algo muy especial. Qué hijo pertenece a qué padre es su pequeño secreto hasta el día de hoy.
En un programa de entrevistas estadounidense, los dos revelaron una vez que Harper se parecía más a David. «Ella dice, ‘Hola a todos, aquí estoy'», dice Burtka. Mientras que Gideon tiene más similitudes con Neil Patrick Harris. «Es más reflexivo y más del tipo intelectual», dice el actor tatuado. Juntos disfrutan de la vida familiar en Nueva York.