En Israel, Erik visita a la única familia que le queda: su abuela Rachel, hospitalizada y con demencia. Ella no lo reconoce y parece que realmente está solo. Luego, finalmente acude al terapeuta recomendado por Wesenthein: Charles Xavier. Dirige un instituto para ayudar a las personas con problemas, tanto con su telepatía como con su terapia normal.
Los dos se hacen amigos, aunque están separados desde el principio debido a la militancia de Erik y el pacifismo de Charles. Cuando Erik se defiende de un tanque egipcio atacante con sus poderes, Charles se da cuenta de que su nuevo amigo es un compañero mutante. Erik, que asumió que sus poderes eran el resultado de la ciencia nazi, se da cuenta de que no está solo en absoluto.
Más nazis rastrean a Erik y destruyen el instituto de Charles, pero Erik se entera de que Kleinmein está en Washington DC. El giro: el médico fue incluido en la Operación Paperclip en el servicio estadounidense. La CIA quiere sus hallazgos sobre mutantes para crear supersoldados. Graves lo sabía y estaba engañando a Erik.
Erik parte hacia América. Después de enfrentarse a Graves, la CIA lo captura pero luego Charles lo rescata; Erik se sorprende al verlo, pero Xavier dice que no podía dejar que su amigo enfrentara este desafío solo. Juntos, los dos niños mutantes de Kleinmein liberan a los sujetos de prueba mientras Erik finalmente mata a Kleinmein y le dice a Charles que fue una muerte accidental (Charles quiere «tan desesperadamente creer [that]»).
Los dos amigos compran un terreno en Westchester, Nueva York, para construir su escuela/refugio para mutantes. Sin embargo, cuando Erik regresa a su apartamento temporal, se pone un casco de metal, la «corona» de Magneto, diseñado para bloquear la telepatía de Charles. La «semilla de la desconfianza» que los separa ya está plantada.
La película termina en la actualidad; Charles encuentra a Erik en el memorial de Auschwitz mientras la ahora senadora Kelly da un discurso condenando a los mutantes. Erik se va, nuevamente destrozando una puerta de metal con sus poderes.
Fundido a negro.