Para cuando nos pongamos al día con Ahsoka Tano en la era de la Nueva República, que se desarrolla cinco años después El regreso del Jedi, la Orden Jedi ya no existe y los pocos Jedi que quedan están dispersos por toda la galaxia. Como se muestra en Venganza de los Sith, la Orden 66 eliminó sistemáticamente a la mayoría de los Jedi al final de las Guerras Clon, y los pocos que sobrevivieron se vieron obligados a esconderse, se convirtieron en Inquisidores Imperiales, se convirtieron en mercenarios o se unieron a la Rebelión. Pero si bien este evento tuvo un gran impacto en la vida de Ahsoka Tano y su camino hacia adelante como portadora de la Fuerza, no fue el catalizador que la alejó de la Orden Jedi y de su Maestro Anakin Skywalker.
Los últimos cuatro episodios de Guerra de las Galaxias, la guerra de los clones La quinta temporada sigue una investigación sobre un bombardeo al Templo Jedi en Coruscant. La investigación está dirigida por Ahsoka y Anakin. Los dos estaban fuera del mundo en el momento del ataque y, por lo tanto, eran los que tenían menos probabilidades de estar involucrados, al menos según Yoda. Sin embargo, a medida que avanza la investigación, surgen suficientes pruebas circunstanciales para incriminar a Ahsoka por el crimen.
Ahsoka se esconde, tratando de encontrar pruebas suficientes para limpiar su nombre, pero cuando finalmente es capturada, el almirante de la República Tarkin (sí, eso Tarkin) insiste en que sea juzgada como civil en un tribunal militar en lugar de ser juzgada por los Jedi. El Consejo Jedi obedece, despojando a Ahsoka de su estatus de Padawan y expulsándola de la Orden sin mucha vacilación. Hay algunos, como Anakin, Obi-Wan Kenobi, Plo Koon, Ki-Adi-Mundi y Saesee Tiin, que permanecen del lado de Ahsoka durante toda la terrible experiencia, pero la mayor parte de la Orden efectivamente la abandona.
Anakin finalmente limpia el nombre de Ahsoka y descubre que la padawan Barriss Offee es responsable del atentado. Aunque Ahsoka la consideraba una amiga cercana, Barriss se había desilusionado de los Jedi y creía que se habían vuelto más belicosos que pacificadores. Ahsoka es liberada, pero el daño ya está hecho.