El plan de selección forzada y antinatural de Superfly no solo es muy similar al objetivo de Magneto en «X-Men» de 2000, sino que recuerda a los cómics de «X-Men» en general, y revela la deuda subtextual general de TMNT con los propios mutantes de Marvel. Irónicamente, las tortugas son grandes fans de Marvel Cinematic Universe (el MCU aún no ha introducido mutantes en sus películas), y es en parte debido a su sentido innato de empatía y justicia que deciden intentar detener a Superfly a pesar de empatizar con él y su los deseos de los compañeros mutantes.
Lamentablemente, las tortugas no solo fallan en su intento de detener a los otros mutantes, sino que también terminan siendo capturadas por Cynthia Utrom y su escuadrón TCRI. Uno de los grandes chistes de la película es que Splinter insiste en que los humanos querrán capturar a las tortugas y ordeñarlas, una afirmación ante la que las tortugas suelen poner los ojos en blanco. Para su consternación, resulta que Splinter tenía más razón de lo que creía, ya que Utrom engancha a las tortugas a una máquina de ordeñar (literalmente, así se llama) para obtener su sangre plagada de mutágenos con el fin de fabricar un ejército mutante. .
Afortunadamente, el maestro Splinter recibe un aviso en abril sobre la difícil situación de las tortugas, y la rata ninja salva a sus hijos de cualquier otro ordeño malicioso. Es aquí donde encajan algunas de las revisiones que «Mutant Mayhem» hace al legado de las Tortugas. Al igual que Eastman y Laird combinaron cómics populares de su época en un estofado embriagador, el director de «Mutant Mayhem» Jeff Rowe permite que las abundantes referencias a la cultura pop de la película sean un punto de la historia además de establecer el carácter y el tono, llegando incluso a mezclar en vivo -metraje fuente de acción con la animación de la película. Aquí, Splinter no es un ex maestro de artes marciales humanas, sino una ex rata que aprendió a realizar y enseñar artes marciales a través de películas de acción de kung-fu. Por lo tanto, Splinter, las tortugas y los demás mutantes demuestran una profunda adoración por la cultura humana, lo que les facilita aceptar que los humanos, a pesar de sus posibles prejuicios, no son necesariamente el enemigo.