Aunque Superfly es el villano principal en «Mutant Mayhem», hay un villano secundario que persiste durante toda la película. Su nombre es Cynthia Utrom. Con la voz de Maya Rudolph con una especie de acento europeo indefinido, el personaje dirige el Techno Cosmic Research Institute (TCRI), y está tratando de apoderarse del cieno creado por Baxter Stockman (Giancarlo Esposito) para poder crear un ejército mutante de su propio. Pero Baxter no está interesado en ayudar a Cynthia, y solo quiere tener su propia pequeña familia extraña porque ama a los animales.
Después de que sus soldados (vistos arriba, con Utrom brillando en verde en la pantalla) no logran atrapar el moco o los mutantes creados por Baxter Stockman, todos los cuales eventualmente se convierten en Superfly, Bebop, Rocksteady, Mondo Gecko, y todo un enjambre de mutantes que están empeñados en convertir a millones de otras criaturas en seres mutantes y dominar a la raza humana: Cynthia captura a las tortugas para poder ordeñarlas por su sangre. Por supuesto, Splinter rescata a sus cuatro hijos y Cynthia se queda con las manos vacías.
De hecho, una vez que las tortugas han derrotado a la versión gigante, kaiju-esque de Superfly, TCRI se ha eliminado por completo y nadie sabe a dónde han ido. Pero una escena de créditos revela que ella todavía está mirando desde lejos e intentará capturar a las tortugas una vez más. Sin embargo, la próxima vez, pedirá la ayuda de Shredder, de quien se burlan en la escena de mitad de créditos de la película.
Pero hay más para observar sobre Cynthia, y los fanáticos de la franquicia probablemente se dieron cuenta de un par de detalles interesantes sobre este personaje.