“La decisión final” de la primera temporada y “Descent” de la quinta temporada se centran en Bolivar Trask y Mister Sinister, respectivamente, dos malos que ya han hecho sentir su presencia en X-Men ’97. En “La Decisión Final”, el equipo lucha contra el Molde Maestro de Trask, en una batalla que resulta en un cambio masivo de opinión en el intolerante Senador Kelly. “Descent” tiene lugar en la Inglaterra victoriana, donde el genetista Nathanial Essex combina ingenio con el antepasado del Profesor X, James Xavier, mientras caza a Jack el Destripador. Essex pierde cuando su esposa Rebecca Grey, tatarabuela de Jean Grey, revela sus horribles experimentos, lo que lo llevó a convertirse en Mister Sinister.
Pero los puntos más convincentes de la trama ocurren en el par de dos partes mencionado por De Mayo. En “Santuario” de la tercera temporada, Magneto establece una nueva base en el espacio, denominada Asteroide M, donde él y su nuevo grupo de seguidores, los Acólitos, dan la bienvenida a mutantes abatidos. Y, sin embargo, cuando Fabián Cortez de los Acólitos mata a Magneto y culpa del ataque a los X-Men, Xavier teme que su sueño haya muerto.
El episodio de la cuarta temporada «One Man’s Worth» tiene una historia aún más notable, ya que inspiró Era del Apocalipsis, una de las historias de cómics más populares de la década de 1990. Cuando los villanos viajeros en el tiempo Trevor Fitzroy y Nimrod matan a Xavier mucho antes de que pueda fundar los X-Men, la Tierra no tiene defensa contra Apocalipsis. En el nuevo presente, una versión radicalmente diferente de los X-Men y los Vengadores luchan, mientras Bishop y su hermana Shard intentan arreglar las cosas.
En otras palabras, estas historias no auguran nada bueno para los X-Men. Viejas rivalidades se han enfriado en la primera temporada de X-Men ’97, con Magneto liderando el equipo mientras Xavier explora el espacio con el Imperio Sh’iar. Magneto pareció morir en el ataque de Master Mold que destruyó a Genosha y mató a varios mutantes, incluido Gambit, pero el episodio más reciente reveló que el Maestro del Magnetismo todavía vivía, aunque capturado por Bastion.
El caos en la Tierra ha llegado a Xavier, y sin duda lo ha llevado de regreso a la Tierra. Pero con la Operación Tolerancia Cero de Bastion capaz de convertir a él y al anterior cautivo Bolívar Trask de Mister Sinister en Prime Sentinels, la eventual libertad de Magneto puede no ser lo que parece.
Además, todo esto se produce después de la reprimenda más impactante al sueño del Profesor X de una cohabitación pacífica entre mutantes y humanos. Cuando los mutantes formaron su propio país en la isla de Genosha, la humanidad pareció responder destruyendo la isla y cometiendo genocidio contra personas que no hicieron nada contra ellos.