El carrete conceptual «Alita: Ángel de combate» da la vuelta a uno de los momentos más cruciales del manga y el OVA de dos capítulos. En ellos, Hugo intenta escalar un cable que une a Zalem con el mundo de abajo. Alita suplica su amor por él y que abandone su temeraria búsqueda. Justo cuando parece pasar, una cuchilla giratoria baja y destripa a Hugo. Alita atrapa lo que queda pero el brazo de Hugo se rompe y cae.
Pero en el rollo de concepto, narrado por Hugo, las posiciones están invertidas. Alita recupera los recuerdos de que estaba destinada a destruir Zalem e intenta subir a la ciudad. Hugo es, en cambio, el que admite su amor y la convence de que no vaya. El resto de la secuencia se desarrolla de manera similar, solo que esta vez Hugo no se cae después de que Alita lo atrapa. La narración de Hugo concluye: «Y así comenzó, la leyenda del Ángel de la batalla. La niña que bajó del cielo para destruir el mundo, pero en cambio eligió salvarlo. Esa es mi bebé».
Sin embargo, la película terminada vuelve a ser una fiel adaptación del manga. Termina con Alita (Rosa Salazar) apuntando su espada hacia Zalem, mientras el líder de la ciudad, Nova (Edward Norton), la observa. Este final de suspenso conduce mucho mejor a la trilogía esperanzadora, con los siguientes capítulos supuestamente «Alita: Fallen Angel» y luego «Alita: Avenging Angel».
El rollo de concepto opta por un final abierto, pero es extrañamente más definitivo. Alita declara que «[it’s] es hora de sacudir los pilares del cielo», aunque tendría un motivo mucho mejor para hacerlo si Hugo está muerto. El final de la película puede no ser concluyente, pero tiene un mejor impacto que uno feliz.