La inclinación de Hannigan por hacer que líneas potencialmente desagradables suenen adorables es quizás su mayor fortaleza como actriz, y es parte de lo que le consiguió un papel como Lily en «Cómo conocí a vuestra madre» ocho años después. Su fuerza en el papel se reveló tan rápidamente como la del piloto, en una escena en la que Ted (Josh Radnor) se defiende por no besar a Robin (Coby Smulders) cuando ella probablemente le estaba dando la señal para que la besara. «Aww, Ted, eso es tan dulce», le dice Lily, «Así que te acobardaste como una pequeña perra». Es una frase que debería haber sido mala, injustificada y profundamente crítica, pero gracias a la forma en que lo expresa Hannigan, suena encantadora.
Puedes ver mucho de Willow en Lily a lo largo de las primeras temporadas de «HIMYM», y eso va más allá de cómo ambos personajes probablemente habrían sido explícitamente bisexuales si hubieran sido escritos hoy. Las cosas que hicieron que Willow fuera tan grandiosa en la temporada 1 de «Buffy» brillan más en la temporada 2 de «HIMYM», cuando Lily rompe con Marshall, queda atrapada en un apartamento terrible y se ve obligada a hacer las paces con su fracaso en su sueño de toda la vida de ser artista. Según todos los indicios, este es uno de los peores períodos de la vida de Lily, pero Hannigan lo describe todo con el mismo optimismo inquebrantable que le dio a Willow.
Hannigan es una de las actrices televisivas más exitosas de su generación, y gran parte de ello se debe a su elección temprana en la audición para mejorar el guión que le dieron. «Era una frase divertida y [creator Joss Whedon] «Ni siquiera sabía que había una broma allí», recordó Hannigan. «Tomé la decisión correcta».