Algunos de los antiguos compañeros de la Resistencia de Kira vienen a la estación para investigar un crimen. Son Fala (Jennifer Salvidge), Furel (William Lucking) y Lupaza (Diane Salinger). Otro amigo en común, un personaje llamado Latha, fue asesinado en la iglesia al comienzo del episodio, y el asesino envió un mensaje codificado, comenzando una grotesca cuenta regresiva. «Ese es uno», dice el asesino. Kira y sus compatriotas están nerviosos y no saben quién los quiere muertos. El asesino matará al menos a dos personajes más antes de que termine el episodio.
La mayor parte de «La oscuridad y la luz» es una emocionante investigación de asesinato dirigida por el jefe de seguridad Odo (René Auberjonois) e involucra el creciente miedo y paranoia de Kira sobre los posibles sospechosos. El episodio tiene un tono sombrío, con la violencia de guerra de Kira siempre acechando detrás de cada conversación. Kira se sintió totalmente justificada por sus actos violentos durante tiempos de guerra, pero «La oscuridad y la luz» revela que es posible que otros no puedan simpatizar con su sentido de resolución. Finalmente, Kira se impacienta con la investigación y le roba una lista privada de sospechosos a Odo para poder enfrentarse ella misma al asesino.
Descubre que el asesino es un cardassiano llamado Silaran Prin (Randy Oglesby), un hombre con una gran cicatriz facial. Parece que Prin resultó herido en una bomba que la Resistencia colocó durante la Ocupación y se ha encargado de matar a los responsables de dejarle cicatrices y matar a su familia. Kira sostiene que era una guerra y que su objetivo era matar a los cardassianos. Prin revela, sin embargo, que él no era un soldado sino un simple civil que simplemente trabajaba como blanqueador en la casa que ella bombardeó. No era violento hasta que los bajoranos lo hicieron así.