Mientras Paul y su concubina Chani (primero Sean Young, ahora Zendaya) intentan concebir un hijo sin éxito, una confederación de enemigos se une para socavarlo. Además de la Reverenda Madre Mohiam Bene Gesserit y representantes del Spacing Guild, entre los conspiradores se encuentra la esposa de Paul, la Princesa Irulan (Virginia Madsen en 1984, Florence Pugh en Duna, segunda parte), hija del anterior emperador, Shaddam IV (José Ferrer en 1984, Christopher Walken en 2024).
Para muchos, Mesías de las dunas es el decepcionante segundo lanzamiento de la serie. En lugar de la construcción del mundo de la primera novela, la gran aventura de hijos de dunao los extraños acontecimientos en Dios Emperador Duna y Herejes de Dune, Mesías de las dunas Se centra estrechamente en las intrigas palaciegas. La mayor parte de la acción ocurre fuera de la página, mientras que Herbert se concentra en conversaciones, transmitidas tanto con el dedo como con el habla audible, y en monólogos interiores.
Duncan Idaho, el guerrero Atreides asesinado del primer libro, regresa en Mesías de las dunas en forma de ghoula (una especie de clon/monstruo de Frankenstein). Sin embargo, en lugar de retomar su forma de luchar, Duncan se convierte en un Mentat, una computadora humana que consulta sobre estrategia política y militar.
Si bien el cambio en el papel de Duncan puede aburrir a algunos fanáticos de la primera película, encaja perfectamente con los intereses de Lynch.. Picos gemelos, Autopista perdiday Mulholland Drive demuestran la fascinación de Lynch por las identidades duales y los doppelgängers. Los utiliza para jugar con las percepciones de la realidad y para desentrañar las variedades del yo. Cuando Duncan llega a la corte de Paul como regalo de la reservada Bene Tleilax, llamándose a sí mismo Hayt y aconsejando a su viejo amigo que no confíe en él, se desmorona todo lo que los Atreides y los lectores entendían.
Además, los Bene Tleilax son cambiaformas llamados «bailarines de cara», que pueden parecerse a cualquier persona. Como señaló Evry en cableadoLynch en realidad coloca a los bailarines faciales en la primera película con la adición del Doctor del Barón Harkonnen, un personaje que no aparece en el libro. Duna. En Duna IIel Doctor se revela como Scytale, el bailarín que reanimó a Duncan Idaho como un ghola y es uno de los principales antagonistas de Mesías de las dunas.
Después de leer una copia del Duna II guión, la académica Kara Kennedy comentó: «Los Bene Tleilaxu son villanos deliciosamente extraños, ideales para Lynch». Pero no son sólo los bailarines faciales los que encajan con los intereses de Lynch. El guión describe el extraño mundo parecido a una fábrica de su planeta natal, Tleilax, un desastre de hierro, humo y carne rosa enfermiza.