Durante la Segunda Guerra Mundial, el joven Mahito Maki (Soma Santoki) sufre una desgarradora tragedia familiar y debe trasladarse inmediatamente al campo, donde su padre (Takuya Kimura) trabaja para una familia fabricando aviones para el ejército japonés, como hacía el propio padre de Miyazaki.
Aislado, Mahito comienza a explorar los misteriosos paisajes y se encuentra con una garza real, persistente en su presencia. El niño también se topa con una torre abandonada. Curioso, entra. Desde allí, El niño y la garza se expande hasta convertirse en una fantasmagoría maravillosa y a menudo sorprendente.