La historia de «Wrath of Khan», como muchos saben, se centra en el villano abandonado Khan, abandonado en el planeta Ceti Alpha V después de los acontecimientos del episodio de la serie original «Space Seed» (16 de febrero de 1967). Mientras tanto, el planeta sufrió un cataclismo ambiental, dejando a Khan y su séquito varados en un mundo desértico moribundo. Molesto porque Kirk (William Shatner) nunca se molestó en controlarlo, Khan roba una nave espacial de la Federación usando inusuales gusanos que manipulan el cerebro para controlar a los oficiales de la Flota Estelar. Se embarca en una misión de venganza.
Las historias de venganza son un buen material para las películas de acción, pero Roddenberry no quería que «Star Trek II» fuera una película de acción. Al igual que «Star Trek: The Motion Picture», hubiera preferido algo más interesante y más basado en ideas de ciencia ficción. Roddenberry odiaba el guión final de «Khan», ya que sentía que el diálogo era cursi. Fue citado diciendo:
«Creo que fue una imagen emocionante. […] Aunque tuve muchos problemas con eso. Pensé que tuvieron mucha suerte de tener al actor que interpretaron en Ricardo Montalbán para interpretar a Khan, ya que no era un papel bien escrito. ‘Te perseguiré por las lunas de Júpiter’ y demás, en manos de casi cualquier otro actor habría provocado las risitas del público. Montalbán les salvó el culo. Khan no fue escrito como un personaje emocionante, era más bien endeble. El Khan del episodio de televisión era un personaje mucho más profundo y mejor que el Khan de la película, excepto que Montalbán lo logró».
La frase de Khan fue en realidad: «Lo perseguiré por las lunas de Nibia y por la vorágine de Antares y por las llamas de la perdición antes de entregarlo», pero se puede ver el punto de Roddenberry.