Los cómics han sido donde ocurrieron los cruces de «Transformers» y «GI Joe». Ambas series tenían un cómic en curso publicado por Marvel («GI Joe» escrito por Larry Hama, «Transformers» por Bob Budiansky y luego por Simon Furman). En 1986, la serie se cruzó con la miniserie de 4 números «GI Joe and the Transformers» de Michael Higgins y Herb Trimpe. Los Decepticons y Cobra se unen, y después de un malentendido, los Autobots y Joes se alían para derrotar a sus enemigos compartidos. Los personajes de «GI Joe» también aparecieron en la serie secuela, «Transformers: Generation 2» (escrita por Furman), donde Megatron hace un trato con Cobra para construirle un nuevo cuerpo (uno parecido a su juguete en el mercado).
Lo más sorprendente del crossover original de Marvel es que «GI Joe» obtuvo la mejor facturación. Una vez que terminó la década de 1980, quedó claro que Robots in Disguise era la franquicia con poder de permanencia, mientras que Joes era demasiado de los 80 para adaptarse.
En 2003, Devil’s Due Press (entonces el propietario de la licencia de cómics «GI Joe») usó «Transformers» como un sorteo para su serie con el crossover «GI Joe vs Transformers»: Cobra descubre los Autobots y Decepticons inactivos y los convierte en armas. . En 2004, Dreamwave Comics publicó la miniserie ambientada en la Segunda Guerra Mundial «Transformers/GI Joe» (escrita por John Ney Rieber, dibujada a lápiz por Jae Lee).
IDW Publishing (propietaria de la licencia de cómics «Transformers» de 2005 a 2022, y «GI Joe» de 2008 a 2022) lanzó un universo compartido de Hasbro Properties con el evento de 2016 «Revolution». Sin embargo, «Transformers» fue el centro de este universo; todo terminó con la miniserie «Transformers: Unicron» (escrita por John Barber, arte de Alex Milne) que se trataba principalmente de concluir las historias de «Transformers» con meros cameos de las otras franquicias.