Chekov no forma parte de la tripulación del Enterprise cuando comienza «La ira de Khan»: es el oficial ejecutivo del USS Reliant bajo el mando del capitán Terrell (el fallecido Paul Winfield). Sin embargo, del elenco secundario que regresa, probablemente él tenga el papel más importante de la película.
Son Chekov y Terrell quienes liberan a Khan aventurándose a lo que creen que es el planeta Ceti Alpha VI, pero en realidad es Ceti Alpha. V, donde Khan y su tripulación están abandonados. Khan implanta algunas criaturas indígenas, las anguilas Ceti, en los canales auditivos de Chekov y Terrell para hacerlos vulnerables a la sugestión, lavándoles el cerebro de manera efectiva. Khan se apodera del Reliant y es gracias al poder del barco que se enfrenta cara a cara con el Enterprise.
Koenig regresó nuevamente en todas las películas de «Star Trek» de la era de la «Serie Original», y también tuvo un cameo en «Generaciones». En 2023, incluso interpretó al presidente de la Federación, Anton Chekov (implícitamente descendiente de Pavel) en “Star Trek: Picard”. Y su legado de ciencia ficción no termina con «Star Trek». En la década de 1990, Koenig interpretó al villano psíquico Alfred Bester en «Babylon 5», cuya siniestra presencia es totalmente opuesta a la valentía y la energía cómica de Chekov.