El arco argumental de Dominion War comenzó con «Call to Arms» de 1997, el episodio final de la quinta temporada del programa, y serviría como telón de fondo para «Deep Space Nine» hasta el final de la serie en 1999. La guerra no Solo involucró al Dominio y la Federación, sino también a los cardassianos, el Imperio Klingon, los romulanos y, justo al final, los Breen. Hubo múltiples episodios dedicados al tipo de trauma que la guerra inflige en una cultura y los compromisos morales que las personas honradas tienen que hacer en situaciones desesperadas. En particular, el Capitán Sisko (Avery Brooks) descubre que su código moral no es tan fuerte como pensaba. Mucha, mucha gente muere en el conflicto.
La Guerra del Dominio no surgió de la nada. «Deep Space Nine» sentó las bases para un conflicto inminente desde el comienzo de la serie. Pasaron cinco años antes de que Ira Steven Behr pudiera contar una historia de guerra. El retraso, al parecer, se debió a que al cocreador Rick Berman no le gustó la idea. «Star Trek», consideró, debería seguir siendo una cuestión de diplomacia. Al final, Berman parece haber aceptado dejar que Behr supervisara un arco argumental centrado en la guerra, pero esperaba que terminara después de un cuarto de temporada. Berman recordó:
«Toda la idea de Dominion Wars, la idea de que Ira quería un arco que duraría una temporada o tal vez más, él y yo teníamos mucho desacuerdo al respecto. Y todo eso se basaba únicamente en el hecho de que Gene había sido muy específico conmigo acerca de no querer ‘Star Trek’ ser un programa sobre guerras intergalácticas, guerras entre especies. No quería que se tratara de humanos librando guerras contra otras especies».
Pero Behr quería deshacerse de las viejas costumbres.