El antagonista de «Mutant Mayhem» es, como indica el título, otro mutante. Superfly (Ice Cube), una mosca del tamaño de un humano, parece tener un plan para apoderarse del mundo. Ese personaje fue suficiente, dijo Jeff Rowe, para abarcar toda la película. Un personaje como Shredder tiene una historia demasiado extensa y extensa para incluirlo también, por lo que finalmente el cineasta decidió simplemente dejarlo fuera. Él dijo:
«Tuvimos a Shredder por un tiempo. […] Es un personaje tan especial en la tradición. Como personaje, ocupa mucho espacio en la historia. Y en esta película, parecía que necesitábamos que el villano fuera otro mutante, necesitábamos que fuera alguien que pudiera relacionarse con las Tortugas, y que las Tortugas también pudieran relacionarse y sentirse tentados. Necesitaban tener más de una historia paralela. Y eso es lo que nos dio Superfly».
De hecho, Shredder es un malvado maestro de artes marciales empeñado en dominar y destruir. No ofrece conflictos tentadores para las Tortugas aparte de alguien con quien luchar. Las Tortugas, dicho sea de paso, no son el tipo de personajes que pelean con villanos que los desafían intelectualmente. Son adolescentes que se definen en gran medida por las armas que llevan. Pueden ser luchadores hábiles, pero parece que Shredder no ofrece muchos contrapuntos matizados. Superfly, como mínimo, sería un compañero mutante con el que las Tortugas pueden estar en desacuerdo.
Rowe sabía que salvar al archienemigo más famoso de las Tortugas Ninja para una secuela se parecía a un éxito de taquilla reciente de superhéroes diferente.