Miles Morales, con la voz de Shameik Moore, es un adolescente de Brooklyn, Nueva York que deja su escuela normal para ir a una más prestigiosa llamada Brooklyn Visions Academy. Su padre, Jefferson, es oficial de policía; su mamá, Rio, es enfermera; y le apasiona el arte y la música.
Un día, mientras hace graffiti en el metro con su tío Aaron, Miles es picado por una araña que le otorga superpoderes. Cuando intenta averiguar más sobre el origen de la araña, es testigo de una pelea entre Spider-Man y Kingpin. Spider-Man está tratando de evitar que Kingpin use una máquina enorme que puede destruir el espacio y el tiempo y, en el proceso, Kingpin mata a Spider-Man. Sin embargo, antes de morir, Spider-Man siente que Miles es como él y le hace prometer que detendrá a Kingpin y destruirá la máquina, a la que se refieren como un colisionador.
Al principio, Miles apenas comienza a aprender sobre sus poderes; en el camino, conoce a varias otras personas araña que fueron traídas al mundo de Peter a través del colisionador de Kingpin. Al final de la película, ha sido el Spider-Man oficial de su universo durante exactamente dos días.