Parece que el guión original de De Haas contenía la idea base de «Identity Crisis» (miembros de la tripulación del Enterprise mutando lentamente en otra especie), pero que la estructura era tremendamente diferente. Brannon Braga fue acreditado como el escritor del episodio y eliminó una trama secundaria sobre el romance estancado de Geordi y Leijten. Braga eliminó la trama romántica cuando se dio cuenta de cuántos romances estancados ya había atravesado Geordi.
Según Piller, Geordi ni siquiera era el protagonista original. De Haas había imaginado que las mutaciones ocurrirían en varios personajes completamente nuevos. A Piller claramente le gustaron las ideas de De Haas, pero necesitaba remodelar el guión para convertirlo en algo más acorde con el estilo tradicional del programa. Piller explicó:
«Era un guión muy difícil de resolver. […] El guión fue comprado originalmente como un guión específico enviado por un fan. Tenía un punto de vista muy pesado y [contained] recursos estilísticos que no queríamos hacer. El guión original tenía dos personajes ajenos a ‘Star Trek’ pasando por lo que Geordi y [Leijten] finalmente pasó. Fue una producción muy complicada y compleja en la que el director hizo un trabajo fantástico. Tenía escenas dentro de escenas y estaba muy contento con el espectáculo».
Las «escenas dentro de escenas» se refieren a una secuencia en la que Geordi recrea un antiguo registro de video en la holocubierta, lo que le permite interactuar con una versión holográfica de su yo un poco más joven.
Cuando Braga reescribió el guión de De Haas, también hizo que la historia fuera mucho más oscura, implicando que los extraterrestres mutantes se habían apoderado de más cuerpos humanos de lo que se suponía anteriormente. Braga replanteó esa idea y presentó un borrador final con sólo unos pocos extraterrestres mutantes. Finalmente también convirtió a Geordi en el protagonista de la historia. «Esos muchachos en producción realmente pueden producir un producto fantástico», añadió Piller.