Como la mayor parte de «Cube» se desarrolla dentro de, bueno, cubos, Natali se preparó para filmar las escenas por orden de eventos, ya que hubiera sido más fácil entender las habitaciones codificadas por colores y su significado a medida que avanzaba la película. Sin embargo, las cosas no salieron según lo planeado:
«Pensé que no podía pasar nada inesperado porque habíamos diseñado el espacio y yo había creado un guión gráfico y planeado meticulosamente cada toma. Luego, el primer día, las puertas del cubo no se abrieron».
Ahora bien, esto fue un problema real ya que la escena inicial presenta a un hombre atravesando un conjunto de puertas antes de ser brutalmente asesinado por una trampa, lo que ayudó a establecer la naturaleza traicionera del espacio físico en el que estaban atrapados los otros personajes. Aunque esta secuencia del Cuando se mantuvo el guión, Natali tuvo que improvisar con escotillas y solucionar algunos detalles para adaptarse al problema único que enfrentaba. Describiendo la situación como un «desastre que se convirtió en el primero de una serie de pequeños desastres que siguieron destruyendo [his] planes», Natali también explicó que este problema llevó al productor ejecutivo de la película a amenazar con cerrar la producción antes de terminar.
Obligada a hacer grandes cambios en el guión, Natali optó por un prólogo introductorio que cimentó los personajes que seguimos a lo largo de todo el proceso, pero durante el rodaje se produjo un accidente potencialmente grave: «El cubo era enorme y casi me cae encima. Casi me aplasta el mío». cubo, que realmente podría haberme matado.»
Después de evadir este percance cercano a la muerte, Natali reelaboró masivamente su historia, y el estrés se sumó al «insoportable» proceso de alterar su visión en el último minuto. Sin embargo, Natali comenta que estos esfuerzos «valieron la pena», ya que «Cube» resultó ser tan visceral y complejo como pretendía al final.