Por supuesto, la tecnología de «Star Trek» requiere limitaciones, de lo contrario se rompería mucha tensión dramática. Se ha dado a entender muchas veces en varias series de Trek que los replicadores requieren mucha energía para funcionar. Por lo tanto, un bromista no puede programar un replicador para que siga haciendo comida hasta que los pasillos del barco se llenen de SpaghettiOs y el casco comience a combarse. Esta noción se vio reforzada por los eventos de «Star Trek: Voyager», en la que la nave principal quedó varada a 70 años de distancia de casa. Para ahorrar energía, se racionó el acceso a los replicadores, se erigió una bahía hidropónica y se construyó una cocina. La nave necesitaba una fuente de alimento sostenible, y los replicadores no lo eran. Esto se convirtió en un problema cuando los queridos granos de café de la capitana Janeway no se encontraban por ninguna parte.
También se repite a lo largo de Trek que la comida replicada… no es tan buena. Varios personajes notan que pueden saborear cuando se sintetiza la comida, lo que lleva a muchos chefs aficionados a intentar cocinar en sus habitaciones. Parece que siempre hay equipo de cocina a mano, por si acaso. Sin embargo, los replicadores parecen dejar poco espacio para la alteración culinaria de sus programas.
Como se señaló anteriormente en las páginas de /Film, un replicador no puede producir alcohol. Los manuales técnicos auxiliares también explican que los venenos no se pueden replicar. Aunque aún no se ha abordado en el canon si los ingredientes benignos para una especie pueden ser venenosos para otra. Tal vez los replicadores fabriquen alimentos que sean aceptables para todos los sistemas digestivos de la nave.
Los replicadores también solo son capaces de replicar objetos más pequeños. Nunca se ha visto a nadie en «Star Trek» replicando algo más grande que un libro de mesa de café. Uno no puede replicar, por ejemplo, una nave estelar completa.
Por supuesto, si puedes replicar una nave estelar, probablemente seas tan poderoso que no lo necesites.