Para resumir brevemente: múltiples facciones de los siglos 28 y 31, armadas con dispositivos de contrabando para viajar en el tiempo, habían estado manipulando secretamente la historia para su propio beneficio. Debido a que a estas facciones se les prohibió judicialmente manejar mal la causalidad, contactarían a varios actores en el siglo XXII y los manipularían para que cometieran actos de terrorismo en nombre de las facciones. Los Suliban tenían el sombrío benefactor antes mencionado, pero también había una especie misteriosa de Constructores de Esferas que construían horribles armas de destrucción masiva. Los Constructores de Esferas conocían una línea de tiempo futura del siglo 26 en la que serían superados por las fuerzas de la Tierra, llevándolos al pasado de la Tierra para obtener una ventaja táctica. Usaron una especie llamada Xindi para destruir Florida y eventualmente tenían la intención de destruir toda la Tierra.
El Capitán Archer (Scott Bakula) se enteró de la Guerra Fría Temporal gracias a uno de los miembros de su propia tripulación del Enterprise, un hombre llamado Daniels (Matt Winston). Daniels era un agente temporal disfrazado y le dio a Archer un vistazo de las batallas que tendrían lugar dentro de un milenio. ¿Alguna vez quisiste saber cómo es el Enterprise-J?
Toda la trama del viaje en el tiempo era demasiado complicada de seguir y no tenía mucho interés para la mayoría de los Trekkies. Braga recordó que toda la idea fue el resultado de un mandato del estudio, y que «Enterprise» se vio obligada a incluir tramas que no necesariamente justificaban. Él dijo:
«Queríamos una nueva forma de hacer las cosas, y el programa no era realmente todo lo que pretendíamos. No culpo al estudio, porque no sé si tenían razón o no, pero sí sé «Que realmente no fuimos tan ‘precuela’ como queríamos. Toda la Guerra Fría Temporal se puso porque exigían que hubiera algo futurista en ella».