Los antibióticos de amplio espectro son similares a las bombas nucleares y destruyen a todos los procariotas que encuentran. Son efectivos para eliminar patógenos, claro, pero no son tan buenos para mantener un microbioma saludable. Idealmente, necesitamos antimicrobianos de precisión que puedan atacar solo las bacterias dañinas mientras ignoran las otras especies que necesitamos en nuestros cuerpos, dejándolas prosperar. Ingrese a SNIPR BIOME, una empresa danesa fundada para hacer precisamente eso. Su primer fármaco, SNIPR001, se encuentra actualmente en ensayos clínicos.
El medicamento está diseñado para personas con cánceres que involucran células sanguíneas. La quimioterapia que necesitan estos pacientes puede causar inmunosupresión junto con un aumento de la permeabilidad intestinal, por lo que no pueden combatir las infecciones que puedan contraer de las bacterias que escapan de sus intestinos al torrente sanguíneo. La tasa de mortalidad por tales infecciones en estos pacientes es de alrededor del 15 al 20 por ciento. Muchas de las infecciones son causadas por E. coliy mucho de esto E. coli ya es resistente a las fluoroquinolonas, los antibióticos comúnmente utilizados para tratar este tipo de infecciones.
El equipo de SNIPR BIOME diseña bacteriófagos, virus que se dirigen a las bacterias, para hacerlos hiperselectivos. Comenzaron analizando 162 fagos para encontrar aquellos que infectarían una amplia gama de E. coli cepas extraídas de personas con infecciones del torrente sanguíneo o del tracto urinario, así como del intestino de personas sanas. Se decidieron por un conjunto de ocho fagos diferentes. Luego diseñaron estos fagos para transportar los genes que codifican el sistema de edición de ADN CRISPR, junto con los ARN necesarios para dirigir la edición a una serie de genes esenciales en el E. coli genoma Se ha demostrado que este enfoque previene la evolución de la resistencia.
Después de probar la capacidad de estos ocho fagos modificados para matar al E. coli panel solo y en combinación, decidieron que un grupo de cuatro de ellos era el más efectivo, nombrando a la mezcla SNIPR001. Pero cuatro fagos modificados no hacen un fármaco; el equipo confirmó que SNIPR001 permanece estable durante cinco meses en almacenamiento y que no afecta a ninguna otra bacteria intestinal.
Los investigadores demostraron que SNIPR001 fue bien tolerado en minipigs de Göttingen: después de la administración oral, los cerdos no exhibieron ningún efecto clínico, bioquímico, hematológico o inmunológico, y no se encontraron fagos en su sangre, por lo que no hubo exposición sistémica. En ratones, la administración oral de SNIPR001 redujo la cantidad de blanco E. coli en las heces, y ninguno de los recuperados E. coli eran resistentes al cóctel de fagos.
La terapia con fagos, aunque en teoría es tentadora, tiene una historia accidentada en el mejor de los casos. Pero el objetivo de SNIPR BIOME de usar CRISPR para apuntar con precisión solo a las bacterias dañinas puede revitalizar esta técnica, permitiéndonos continuar venciendo a nuestros enemigos bacterianos sin promover la resistencia a los medicamentos.
Biotecnología de la naturaleza, 2023. DOI: 10.1038/s41587-023-01759-y