En «Space Seed», Khan, al ver la oportunidad de comenzar de nuevo con sus viejos hábitos de conquista de naciones, trató de hacerse cargo de la Enterprise. Kirk y Spock se burlan de él, eliminan a su séquito mejorado genéticamente y recuperan el control de la nave. Sin embargo, en lugar de castigar a Khan por su malversación, Kirk le da al villano un ultimátum: ¿puede crear la sociedad ideal con la que siempre ha soñado en un planeta deshabitado en algún lugar? Khan acepta el desafío y se queda en un planeta llamado Ceti Alpha V para construir su sociedad maestra. Khan estaba fuera de la vista y fuera de la mente.
Hasta el lanzamiento de «Star Trek II: The Wrath of Khan» en 1982. En la película, se reveló que poco después de la llegada de Khan, Ceti Alpha V experimentó un cataclismo natural masivo que lo transformó en un mundo desértico inhóspito. Durante décadas, Khan y su séquito vivieron acurrucados en un barco, sobreviviendo a duras penas, cada vez más preocupados por vengarse de Kirk. En el transcurso de «Star Trek II», Khan se apodera de una nave de la Flota Estelar llamada USS Reliant y va a la caza de Kirk, ahora un almirante. Mientras tanto, Kirk atraviesa una crisis de mediana edad en la que finalmente enfrenta las consecuencias de varias transgresiones olvidadas. Khan es la personificación de la distracción de Kirk; nunca se molestó en controlar a Khan.
La opinión popular suele dictar que «Star Trek II: La ira de Khan» es la mejor de las 13 películas existentes de «Star Trek». Montalbán aporta un empuje glorioso y melodramático a su actuación que emociona al público y equilibra hábilmente la tendencia ocasional de Shatner de interpretar a Kirk como algo más grande que la vida. Es un gran villano de «Star Trek».
Pero entonces, eso es un problema. ¿Desde cuándo «Star Trek» se trata de «héroes» y «villanos»? Desde 1982, al parecer. Por lo general, Trek tiene más matices morales que eso.