El problema para Wayne comenzó durante la fotografía principal, cuando su mentor, John Ford, voló a Brackettville, Texas, para observar una parte del rodaje. «El Álamo» fue un proyecto apasionante para El Duque. Había cortado lazos con Republic Pictures, el estudio que lo convirtió en el rey del western, debido a su renuencia a proporcionar un presupuesto lo suficientemente considerable para realizar la película. Había formado su propia compañía, Batjac, en parte para hacer «El Álamo». Ahora estaba en el set, filmando su obra de amor, y Ford, el maestro malhumorado que lo había convertido en una estrella de cine de la lista A a través de «Stagecoach» de 1939, era, según «John Wayne, Shooting Star: A» de Maurice Zolotow. Biografía», intentando arrebatarle el control de la producción a su protegido.
Wayne no quería una pelea. Por supuesto que no lo hizo. Había pasado la mayor parte de su vida evitando los conflictos. Así que le pidió a Ford que filmara imágenes de la segunda unidad de cruces de ríos. Wayne proporcionó a su amigo un equipo competente y un montón de películas. «No me importa lo que cueste», dijo Wayne, «pero no dejaré que se sienta rechazado. Prefiero gastar un millón de dólares que herir sus sentimientos».
Cuando se estrenó la película, los críticos se centraron en las escenas culminantes. Poseían una vitalidad de la que carecía el resto de la película. Si esto no fue obra de Ford, estas secuencias deben haber sido obra del veterano doble y experto director de segundas unidades Cliff Lyons. Cuando se le preguntó, Ford afirmó que no era más que un «entrenador en tercera base». Lyons se mantuvo en silencio. Había poca claridad hasta que William H. Clothier, el gran director de fotografía que filmó «Fort Apache» y «The Man Who Shot Liberty Valance» de Ford junto con «The Alamo», dio un paso al frente y se lanzó en apoyo de Wayne.