Durante muchos años, Kilmer tuvo la reputación, en gran parte infundada, de ser difícil trabajar con él. Estos rumores llegaron a mis propios oídos durante la producción de la nueva versión de «La isla del Dr. Moreau» de John Frankenheimer en 1996, que fue una producción infamemente problemática. Richard Stanley ya había dirigido gran parte de esa película antes de ser reemplazado. Kilmer, según los rumores, discutió con el nuevo director. En el documental «Val», Kilmer también admitió que trabajar en «Batman Forever» fue una experiencia miserable, en gran parte debido al vestuario; el movimiento era difícil y sus oídos estaban cubiertos.
Kilmer postula que su mala reputación probablemente comenzó con «The Doors», una película que requirió no solo una actuación bastante intensa, sino también aprender a cantar como Morrison. Según Kilmer, el proceso de ensayo involucró muchos escupitajos y el actor tuvo que seguir interpretando el papel todo el día. Cuando se le preguntó acerca de los rumores, Kilmer fue franco y dijo:
«Supongo que comenzó alrededor de ‘The Doors’ […]. Estaba tratando de hacer algo muy desafiante, además de ser fiel al personaje y a Oliver Stone, que es increíble y sorprendentemente duro. Entonces, además de esas dos sombras pesadas, ¡estaba tratando de cantar todas las canciones en vivo! Lo cual fue una tarea enorme, y lo hicimos, pero para mantener el fuerte no me permití mucho tiempo para ‘ser yo'». Así que mejoramos mucho y comencé a llamar [the actors] por ellos [characters’] nombres, y la gente empezó a decir que insistía en que me llamaran el personaje».
Cualquiera que haya actuado antes conoce la práctica común de referirse a los actores por los nombres de sus personajes en el set. No es el Método. Es solo una abreviatura. Kilmer, de alguna manera, fue identificado como practicante de lo primero.