Hace tiempo que se cree que Isaac Hayes, quien hizo la voz de Chef durante nueve temporadas, dejó «South Park» porque se sintió ofendido por la representación de la Cienciología en el episodio «Atrapado en el armario», pero eso no fue lo que sucedió. Según su hijo, Hayes no abandonó el programa por su propia voluntad. «En ese momento, todos los que rodeaban a mi padre estaban involucrados en Scientology: sus asistentes, el grupo principal de personas, así que alguien renunció a ‘South Park’ en nombre de Isaac Hayes. No sabemos quién», dijo.
En el episodio «The Return of Chef», Parker y Stone usaron viejas pistas de voz en lugar de Hayes, y el episodio retrata a Chef como si una organización malvada le hubiera lavado el cerebro, un claro sustituto de Scientology. El episodio no culpa a Chef o Hayes por dejar el programa, sino que culpa a la institución que arruinó a su amigo. El episodio debutó en 2006, una década completa antes de que la serie documental «Leah Remini: Scientology and the Aftermath» sacara a la luz pública las extrañas prácticas de la organización. Es fácil ver «The Return of Chef» como un episodio que se burla de Hayes por ser un cienciólogo, pero es un derribo tan obvio de una institución opresiva con un comportamiento de culto.