Toho Studios, la empresa que creó Godzilla allá por la década de 1950, tiene una larga trayectoria en el uso de efectos prácticos con gran éxito. De hecho, las películas japonesas de Godzilla utilizaron un actor con un traje de Godzilla en todas sus películas hasta «Godzilla: Final Wars» en 2004. En «Shin Godzilla» de 2016, los artistas de efectos visuales utilizaron CGI para crear el monstruo icónico, aunque una versión anterior de Godzilla fue creado en forma de marioneta. Como se muestra en este vídeo detrás de escena, la gran marioneta cobró vida mediante controles remotos y un sistema de poleas con peso. Esta marioneta no se utilizó en el producto final, pero de todos modos es una creación impresionante.
Aunque el codirector Hideaki Anno trabajó anteriormente en varios programas de Tokusatsu, que utilizan efectos prácticos de acción en vivo, CGI fue el nombre del juego para «Shin Godzilla». Atsuki Sato, el supervisor de efectos visuales de la película, compartió que ninguno de los animatrónicos que crearon llegó al producto final.
Hicieron que un actor hiciera captura de movimiento para Godzilla, lo que ayudó a darle vida a la criatura. En lugar de basar a Godzilla en animales reales, el director quería que Godzilla «tuviera la textura del caucho», que se remonta al material de algunos de los primeros trajes de Godzilla. En total, este Godzilla CGI aparece durante 18 minutos y 8 segundos, lo que representa el 15% de la película.