«Dark Phoenix» dura poco menos de 2 horas, pero no porque la historia esté bien escrita. Más bien, es una mezcolanza de borradores diferentes, cortados al hueso y sin ritmo. En particular, está el tercer acto y los antagonistas de la película.
Los villanos de «Dark Phoenix», al menos durante la fotografía principal y antes de las nuevas tomas, fueron los Skrulls. Se suponía que la película concluiría con los X-Men luchando contra los Skrulls fuera de las Naciones Unidas en Nueva York. Esto se cambió debido a las similitudes con otra película de superhéroes, casi con seguridad «Capitán Marvel», que también se estrenó en 2019 y contó con Skrulls. El director Simon Kinberg también sintió que el final era demasiado similar a «Capitán América: Civil War». El tercer acto se volvió a filmar en la batalla en un tren con los X-Men tratando de evitar que los extraterrestres alcancen a Jean Grey (Sophie Turner), que está inconsciente.
Dichos extraterrestres también fueron revisados de Skrulls a D’Bari: en el cómic «Dark Phoenix Saga», Jean destruye su planeta. Aún así, son Skrulls en todo menos en el nombre, completos con poderes de cambio de forma. Su líder, interpretada por Jessica Chastain, es la mayor víctima de la dirección incierta de la película: se rumoreaba que su personaje era todo el mundo, desde Lilandra (emperatriz del alienígena Shi’ar y amante del Profesor X), Skrull Queen Veranke, hasta Emma Frost. , pero al final fue Vuk, quien «oscurece» ni siquiera comienza a tapar. Chastain incluso admitió que no sabía el nombre de su personaje durante el rodaje.