«The Boy and the Heron» sigue a Mahito Maki, un joven de Tokio que huye de la ciudad con su padre durante la Segunda Guerra Mundial después de que su madre muere en un incendio. Mahito, que ahora vive en el campo, lucha con su dolor y su nueva vida. También está la molesta garza real que nunca deja de molestar a Mahito a través de la propiedad familiar de su madrastra Natsuko (que también es su tía).
Las cosas se ponen raras cuando Natsuko desaparece repentinamente un día. La garza, que en realidad es una criatura extraña con cara de hombre (escondida dentro del pico de la garza), se burla de Mahito y le dice que Natsuko está en una torre abandonada cercana con la que el tío abuelo de Mahito estaba obsesionado y en la que desapareció. Al entrar a la torre, se encuentran en un mundo de fantasía alternativo. Así es, «El niño y la garza» es Miyazaki haciendo un isekai (en japonés significa «otro mundo»).
Mientras está en el mundo de fantasía, Mahito se encuentra con todo tipo de criaturas fantásticas, como espíritus, un ejército de periquitos y una joven con poderes mágicos llamada Himi. Mientras tanto, comienza a hacerse amigo de la garza, a regañadientes. Tras un par de aventuras y encuentros, los dos se enfrentan a los periquitos y se infiltran en su castillo para rescatar a Natsuko, que está dando a luz.