«Exorcist: The Beginning» comienza en la Edad Media con un sacerdote ensangrentado que se tambalea a través de la carnicería de una terrible batalla. Encuentra el cuerpo de otro sacerdote que sostiene la cabeza de una estatuilla de Pazuzu en su mano sin vida, y la cámara se precipita para revelar a miles de hombres crucificados boca abajo.
A continuación, estamos en El Cairo en 1949, donde el padre Lankester Merrin (Stellan Skarsgård) está bebiendo sus penas, habiendo perdido la fe después de sus experiencias durante la Segunda Guerra Mundial. Se le acerca un turbio traficante de antigüedades llamado Semelier (Ben Cross) que le pide que encuentre un artefacto demoníaco enterrado en una iglesia cristiana bizantina en Kenia. La iglesia no debería existir en ese lugar porque data de antes de que el cristianismo llegara a esa parte de África.
A su llegada al sitio en el valle de Derati, Merrin se encuentra con el detestable jefe de excavación, Jefferies (Alan Ford); una amable doctora, Sarah Novak (Izabella Scorupco); el padre Francis (James D’Arcy), un joven sacerdote enviado por el Vaticano, y el mayor Granville (Julian Wadham), el oficial británico que supervisa la excavación. Merrin se entera de que los trabajadores supersticiosos de la tribu local Turkana no entrarán por temor a los malos espíritus.
Al acceder a la iglesia, Merrin y Francis descubren algunas características inquietantes. Las armas sostenidas por las estatuas apuntan hacia abajo en lugar de hacia el cielo, y la efigie de Cristo en la cruz ha sido destrozada e invertida. Mientras tanto, se desarrollan eventos siniestros en el campamento y en la aldea tribal cercana. El arqueólogo principal Bession (Patrick O’Kane) ha sido llevado a un sanatorio en Nairobi después de haber sido acosado por visiones demoníacas. Cuando Merrin lo visita, el hombre talla una esvástica en su pecho con un trozo de vidrio y habla con una voz que recuerda al ex sacerdote el evento que provocó su crisis de fe.