Aunque «The Haunting of Hill House» no es estrictamente un programa de misterio, el formato del programa y la narrativa no lineal crean un conjunto de preguntas muy convincentes que se van desvelando lentamente a lo largo de la temporada. Está la cuestión de qué sucedió exactamente en Hill House y si realmente estaba embrujada. Pero también está el misterio que rodea la muerte de la madre de los niños Crain (que nunca se les explicó), por qué su padre Hugh mantuvo su muerte en secreto y por qué nunca derribó la casa.
Cuanto más aprendemos sobre los acontecimientos del pasado y cuanto más tiempo pasamos con los Crains adultos (Steven, Luke, Neill, Theo y Shirley) lidiando con dichos acontecimientos, más evidente se vuelve la tragedia de la familia Crain. Poco a poco nos enteramos de que los niños más pequeños, Luke y Nell, estaban aterrorizados por los fantasmas que veían todas las noches en Hill House, que el resto de la familia ignoraba. Nell creció deprimida y maníaca, mientras que Luke se convirtió en adicto a la heroína. También nos enteramos de que Steven, el hermano mayor que nunca vio fantasmas ni creyó en los cuentos cuando era niño, creció y escribió unas memorias exitosas que vendieron su historia como un cuento de una casa encantada.
Tras el suicidio de Nell, Luke huye de la rehabilitación y finalmente regresa a Hill House para destruirla, creyendo que es la causa de toda su desgracia.
Luego está la historia de la casa en sí, de la que nos enteramos que hubo muchas muertes extrañas dentro de sus paredes (como el propietario original William Hill, quien se tapió detrás de una pared en el sótano en los años 40). Si la posibilidad de que hubiera fantasmas no fuera suficiente, también está el hecho de que la casa estaba infectada con moho, lo que podía causar alucinaciones, como ver fantasmas por todas partes.