«Frankenstein» trata de muchas cosas, pero el núcleo de la historia es la relación entre el científico Victor Frankenstein y la criatura a la que da vida usando ciencia. Es una historia sobre un padre y su hijo, en otras palabras, que es un motivo que aparece en las dos últimas películas de Guillermo del Toro, «Nightmare Alley» y «Pinocchio». En declaraciones a A. Frame, J. Miles Dale dijo que esto se inspiró parcialmente en la muerte de su propio padre y el de Del Toro y que «Frankenstein» forma una trilogía temática con las dos películas:
«En el último par de películas, ciertamente con ‘Nightmare Alley’ y luego con ‘Pinocchio’, hemos tratado toda la relación padre-hijo. Y Guillermo y yo perdimos a nuestros padres en los últimos años. Cuando tienes una figura paterna fuerte, es una gran parte de nuestras vidas. Esta versión de ‘Frankenstein’ recorre en gran medida ese camino temático. Entonces, siento que esta es la tercera película de la trilogía del padre de Guillermo. Eso es emocionante, y cuando lees el guión, es muy emotivo y, por supuesto, muy icónico».
Las relaciones entre Stan Carlisle y su padre en «Nightmare Alley» y entre Geppetto y Pinocho son mundos aparte, pero aprovechan ideas relacionadas sobre las formas en que los hijos sirven como espejos para sus padres, al igual que «Frankenstein». De hecho, todo el motivo padre-hijo de Del Toro se remonta mucho más atrás que esas películas, con Trevor Bruttenholm en «Hellboy» y Stacker Pentecost en «Pacific Rim» sirviendo como padres adoptivos de los personajes Hellboy y Mako Mori, respectivamente. Con «Pinocho», del Toro incluso tejió imágenes y temas tomados directamente de la novela de Mary Shelley en la trama de su fábula antifascista. Baste decir que tengo curiosidad por ver cómo hace para sacar a la superficie esta fijación suya en «Frankenstein».