«Godzilla Minus One» se centra en Koichi Shikishima, un piloto kamikaze que regresa a casa tras el final de la Segunda Guerra Mundial. Lucha con la culpa del sobreviviente, además de haber fingido un mal funcionamiento del motor para evitar cumplir el papel de kamikaze. En la película, los héroes no son comandantes condecorados ni grandes personalidades, sino perdedores, literalmente. La mayor parte del primer acto de la película se dedica a explorar cuán devastado quedó Japón después de la Segunda Guerra Mundial, centrándose en las personas maltratadas que intentan reconstruir sus hogares a partir de los restos de un Tokio bombardeado.
Están en su punto más bajo tratando de reconstruirse y el público sabe que las cosas irán de mal en peor. Para Koichi, reconstruir significa crear un hogar improvisado con una mujer joven y una niña huérfana que ha adoptado como propia. No hay espacio para el romance ni el tiempo libre: lo único que importa es la supervivencia. Al centrarnos en Koichi y su grupo de compañeros de trabajo inadaptados, que limpian minas navales y luchan por adaptarse a su nueva realidad, nos preocupamos por ellos mucho antes de que Godzilla llegue a Tokio dispuesto a destruir a todos.
Aunque sigue siendo una película sobre un monstruo gigante que destruye la ciudad, «Godzilla Minus One» también es descaradamente una película contra la guerra. El arco de Koichi trata sobre la desprogramación, pasando de la vergüenza de no cumplir con su trabajo como piloto suicida a reconocer que no debería haber sido un trabajo en absoluto. Cuando la película presenta a otros soldados dispuestos a luchar contra Godzilla, no son unos veteranos empedernidos. En cambio, son personas conmocionadas, traumatizadas y enojadas por cómo su gobierno los arrojó a la trituradora sin tener en cuenta sus vidas.