Según Stanton, la segunda película de «John Carter», titulada «Gods of Mars», comenzaría revelando lo que le sucedió a la esposa de Carter, Dejah (Lynn Collins), mientras estaba en la Tierra al final de la primera película. En el esquema, Dejah tiene el bebé de Carter, pero es secuestrado por el villano Matai Shang (Mark Strong). Cuando Carter regresa a Marte, Dejah se ha ido para viajar río abajo, «convencida de que la llevará a los Thern y a su hijo robado».
Aparentemente, en este punto, Carter se reuniría con el Thark de Willem Dafoe, Tars Tarkas, y la pareja seguiría el río hasta una ciudad subterránea dirigida por un grupo religioso llamado los Primogénitos. Stanton reveló que «son tecnológicamente avanzados más allá de aquí o Marte y han estado manejando la existencia del planeta desde el principio: agua, aire, comida, plantas que te comen». Además, adoran a una deidad que resulta ser nada menos que Matai Shang en modo cambiaformas.
El ambicioso tercer acto de la película es increíble: Carter descubre que Matai Shang ha «avanzado genéticamente» a su bebé secuestrado hasta la edad adulta, entrenándolo como un guerrero con el objetivo de matar a Carter. El héroe expone al villano como un dios falso, y todos se enfrentan en un volcán inactivo rodeado por una flota aérea de helio. Carter logra reunirse con su hijo después de casi matarlo, y la película termina con los marcianos rojo y verde formando equipo con el primogénito para expulsar a los Thern de su hogar.