Durante el mandato de Morrison en Marvel a principios de la década de 2000, su libro más importante fue «New X-Men», que introdujo una nueva apariencia para el equipo, nuevos personajes y una nueva mitología. Para entender los «X-Men» de Morrison, primero hay que entender la década que la precedió.
Los X-Men estaban en la cima del mundo a principios de los años 90. El número 1 relanzado de «X-Men» de 1991 (coescrito por Claremont y el artista del número Jim Lee) es el cómic de un solo número más vendido. alguna vez, vendiendo más de 8 millones de copias. Wolverine igualó, si no eclipsó, a Spider-Man como personaje emblemático de Marvel. Que los X-Men finalmente consiguieran su propio programa animado (la serie del 92 antes mencionada) fue sin duda el resultado de su éxito cómico y la caricatura solo reforzó la marca.
Eso no quiere decir que todo estuviera bien en la Casa de las Ideas. Chris Claremont abandonó abruptamente «X-Men» en 1991 después de conflictos creativos con Lee y el editor Bob Harras, poniendo fin a su titánica carrera de 16 años. Su último número acreditado (por el momento) fue «X-Men» #3. Los X-Men quedaron en manos de Lee y otros nuevos escritores/artistas, como Rob Liefeld y Scott Lobdell.
Los «X-Men» se convirtieron en sinónimo de los excesos de los cómics de la década de 1990, muchos de los cuales perduran hasta el día de hoy (constantes nuevos números #1, portadas variantes para cada número, eventos cruzados disruptivos, etc.). La franquicia engendra un spin-off tras otro. off («X-Force», «Generation X», etc.) y fue la pieza central del crossover masivo «Age of Apocalypse». Con tantos cómics llegando a las estanterías, no sorprende que la burbuja finalmente estallara y Marvel se declarara en quiebra en 1996. Una de sus estrategias para salir de ese agujero fue vender los derechos cinematográficos de «X-Men» a 20th Century Fox.