Tezuka jugó un papel aún más fundamental en Nintendo el año siguiente, dirigiendo y diseñando ambos. La leyenda de Zelda y la versión japonesa original de Super Mario Bros.2 con Miyamoto en 1986. Aunque no se lanzó en el mercado norteamericano durante años, Super Mario Bros.2 marcó el debut como director de Tezuka y refinó la jugabilidad de desplazamiento lateral de su predecesor. Tezuka cerró su trabajo en la era NES codirigiendo y codiseñando 1988. Super Mario Bros.3agregando ampliamente a los potenciadores, enemigos y el uso de caminos secretos y finales de niveles de la franquicia.
Para los años 1990 El mundo de Super Mario, el título de lanzamiento de Super Nintendo, Tezuka fue el único director, y Miyamoto mantuvo sus deberes centrados en servir como productor del juego. A petición de Miyamoto, que quería que Mario montara un dinosaurio como compañero desde el desarrollo de Super Mario Bros.3 Comenzó, Tezuka creó Yoshi con el diseñador Shigefume Hino para dar cabida a este deseo de El mundo de Super Mario. Enormemente popular, Yoshi recibió su propia línea derivada de títulos de videojuegos a partir de 1995. Super Mario World 2: La isla de Yoshicodirigida por Tezuka y Hino.
Durante gran parte de los años 90, Tezuka se centró en pastorear a los La leyenda de Zelda serie en Super Nintendo y Game Boy con 1991 La leyenda de Zelda: un vínculo con el pasado y 1993 La leyenda de Zelda: El despertar de Link, respectivamente. Sin embargo, Tezuka también contribuyó decisivamente a mantener vivo el legado clásico de Mario, dirigiendo la película de 1993. Super Mario All-Stars. Más que simplemente compilar el Super Mario juegos de la era NES en un solo título de SNES, incluido el debut norteamericano del original Super Mario Bros.2la compilación aprovechó los avances del hardware de Super Nintendo para actualizar las especificaciones técnicas de los juegos recopilados.
Durante gran parte de la era Nintendo 64, Tezuka asumió un papel más de supervisión, asegurándose de que las propiedades de Nintendo mantuvieran el espíritu que las hizo tan exitosas (incluso cuando las propiedades mismas se ramificaron en diferentes géneros). Tezuka es un supervisor acreditado en 1999. mariogolfaños 2000 mario tenis y papel mariojunto con ambos La leyenda de Zelda títulos para el N64. Tezuka también ayudó a introducir a Mario en el 3D como asistente de dirección en 1996. Súper Mario 64y el uso de Boos en el juego en realidad está inspirado en la esposa de Tezuka.
En 1997, Tezuka ascendió al rol de productor, comenzando con el de ese año. La historia de Yoshi, ya que Yoshi recibió su mayor título derivado en solitario en ese momento. Tezuka mantuvo este papel en la era posterior de GameCube, produciendo 2001. La mansión de Luigijunto con el de 2002 Super Mario Sol y Mario Kart: doble carrera. Durante este período, la relación laboral de Tezuka con Miyamoto continuó creciendo, y los dos visionarios desarrolladores de juegos lanzaron el Pikmin franquicia. Sin embargo, el mayor logro de Tezuka durante la era GameCube fue producir 2001. Cruce de animales. Un reencuentro entre Tezuka y gran parte de La historia de Yoshi equipo de desarrollo, ese juego de la vida cotidiana generaría una de las franquicias más exitosas de Nintendo.
Si bien ciertamente fue una fuerza prominente detrás de GameCube, fue el trabajo posterior de Tezuka en Nintendo DS lo que revitalizaría su influencia en la consola. Super Mario serie, incluida cómo su jugabilidad informaría el eventual desarrollo de Super Mario Bros. Maravilla.