¿Qué sucedió?
Después de que el padre de Lyra, Lord Asriel, matara a Roger para abrir una ventana entre los mundos, Lyra y Pan siguieron a Asriel y terminaron en Cittàgazze, una ciudad donde todos los adultos habían huido o habían sido convertidos en cáscaras sin alma por Espectros (criaturas flotantes atraídas por ‘Dust ‘ y por tanto sólo atacan a los adultos, porque los niños no están rodeados de partículas elementales). Allí, Lyra conoció a Will, que no tenía demonios, y que había corrido por la ventana de su Oxford para escapar de Lord Boreal y la policía después de que matara accidentalmente al lacayo de Boreal. Boreal viajaba regularmente entre los mundos de Lyra y Will en busca de artefactos, incluido el cuchillo sutil, al que esperaba que el padre de Will, el coronel John Parry, que desapareció años antes, pudiera guiarlo.
El aletiómetro de Lyra le dijo que buscara a ‘el erudito’ para aprender más sobre Dust, por lo que Will la llevó a su Oxford para hacer eso. Allí conoció a la física Dra. Mary Malone, que estaba estudiando la materia oscura/polvo usando una computadora cuántica. Cuando Mary conectó a Lyra a la computadora (una forma de comunicarse con Dust, muy parecida al aletiómetro), se quedó atónita. A través de él, María se enteró de que los Ángeles eran Polvo, y los Ángeles rebeldes habían pasado siglos guiando el descubrimiento humano como venganza contra el Ángel tiránico conocido como ‘La Autoridad’ (o Dios monoteísta, adorado por el Magisterio), que quería que la humanidad permaneciera ignorante y subordinada. . Un ángel le indicó a Mary que pasara por la ventana de Oxford hacia Cittàgazze, donde los Ángeles la protegerían de ser atacada por Espectros, y que usara el I Ching para comunicarse con ellos en su viaje para ayudar a Lyra.
En el Oxford de Will, Lord Boreal había robado el aletiómetro de Lyra y obligó a Will a recuperar el cuchillo sutil para recuperarlo. Entonces, en Cittàgazze, Will y Lyra entraron en la Torre de los Ángeles y Will ganó el cuchillo en una pelea (perdió dos dedos en el proceso) y fue declarado su próximo Portador. Aprendió a usarlo para abrir y cerrar ventanas entre mundos y lo usó para intentar recuperar el aletiómetro, pero fue descubierto por Boreal y su amante Marisa Coulter, la madre de Lyra. Los demonios de Lyra y Marisa lucharon salvajemente y Lyra y Will escaparon con el cuchillo y el aletiómetro. Le dijo a Lyra que el padre de Will todavía estaba vivo y que tenían que encontrarlo.
El padre de Will, John Parry, había vivido en el mundo de Lyra durante años como el chamánico Jopari (también: el explorador Stannislaus Grumman, cuya cabeza congelada Asriel pensó erróneamente que había presentado en la universidad de Lyra en su presentación sobre Dust). El aeronauta Lee Scoresby, que había ayudado a Lyra y compañía. para escapar de Bolvangar en la primera temporada, buscó a Jopari porque se rumoreaba que podría llevarlo a un objeto poderoso (el cuchillo sutil) que podría proteger a Lyra. Lee se unió a Jopari y viajaron a Cittàgazze en busca del cuchillo, sin darse cuenta de que su nuevo portador era Will, el hijo de Jopari.
Lyra es el tema de una antigua profecía de brujas que su madre, la Sra. Coulter, y el Magisterium, pasaron la temporada tratando de descubrir. Permitieron que la Sra. Coulter torturara a una bruja capturada para obtener la información, pero la reina Ruta Skadi voló para matar a la bruja por piedad antes de que pudiera revelarla. Ruta también apuñaló al Cardenal, quien luego fue sacrificado por la Sra. Coulter, quien quería al más maleable Padre MacPhail en el poder. MacPhail declaró la guerra a las brujas y fue votado como el próximo cardenal, pero se ganó poderosos enemigos en el proceso.
Usando el aletiómetro, el Magisterio aprendió que Lyra es la nueva Eva, destinada a ser tentada por ‘la serpiente’ en el Jardín del Edén, y el futuro de todos los mundos dependería de su elección. El Magisterio declaró la guerra a Lyra y envió soldados para matarla antes de que pudiera cumplir esa profecía.