Baxter Stockman es un personaje que se remonta a los cómics originales de «TMNT». Representado originalmente como un hombre negro, el personaje es responsable de crear los robots conocidos como Mousers, inicialmente diseñados para ayudar a exterminar ratas en la ciudad de Nueva York. Sin embargo, Stockman en realidad estaba usando a los Mousers para robar bancos, y estaba tramando otro plan que le permitiría quedarse con la ciudad para pedir un rescate. Stockman volvería a aparecer en los cómics como villano, pero su forma más conocida no llegaría hasta la serie animada de 1987.
Reimaginado como un científico blanco nerd, Baxter Stockman aún creó a los Mousers, pero sus intenciones eran nobles y en realidad quería ayudar a la ciudad. Sin embargo, Shredder vio a los Mousers como una forma de deshacerse de Splinter, por lo que los replicó con la investigación de Stockman. La participación del científico en su invento lo puso en el camino de las Tortugas, y fue arrestado y enviado a un manicomio, donde se volvió loco y se convirtió en un villano.
En la segunda temporada de la serie animada, titulada «Enter the Fly», el villano Krang ya no necesita los talentos científicos de Stockman, por lo que intenta matarlo arrojándolo a una unidad desintegradora. Sin embargo, atrapada en la cámara con él había una mosca doméstica común y, en lugar de morir, las moléculas de Stockman se mezclaron con la mosca, convirtiéndolo en una criatura humanoide inspirada en la película «La mosca». Aunque inicialmente atacó tanto a las Tortugas como a Shredder en un intento de venganza, Shredder retorció su mente y lo convenció de que las Tortugas eran las únicas responsables, convirtiéndolo así en un villano de pleno derecho.
¿Por qué recapitulamos toda esta información? Debido a que Baxter Stockman aparece en «Mutant Mayhem» y tiene un papel fundamental en la película, pero a pesar de las suposiciones de los fanáticos, no se convierte en el nuevo villano Superfly. Esa fue la intención, sin embargo, en un punto del desarrollo de la película, y hay evidencia de eso en uno de los juguetes de «TMNT: Mutant Mayhem» que llegó a los estantes.