Gilliam, como suele suceder, discutió con los productores de la película sobre el final. Afortunadamente, sin embargo, los productores accedieron y a Gilliam se le permitió crear su propio final. Gilliam dijo que su versión era ciertamente una historia triste, pero también honesta y justa. Sabía que Qohen desaparecería en un mundo virtual, sabiendo que los humanos tienen una propensión a huir hacia ficciones reconfortantes.
Había, por supuesto, un último nivel de aprobación que Gilliam necesitaba investigar. Pat Rushin escribió el guión original de «Zero», y fue su final original el que se abandonó. Afortunadamente para todos, Rushin también odiaba su final original. Según Gilliam, Rushin se había sentido presionado para incluir un final tradicional de «Hollywood», que iba en contra de los mejores instintos del escritor. Todo el mundo, al parecer, quería el final «fabuloso» esta vez. Fue lo opuesto a la experiencia de Gilliam en «Brazil». El director se mostró complacido con la reacción y dijo:
«Lo bueno es que cuando Pat Rushin vio la película, me lo agradeció. Dijo que era un final de mierda que teníamos antes. Pero los escritores hacen estas cosas… bajo presión, en los comienzos de las películas cuando tú… están tratando de encontrar dinero e interés, tratan de hacer que las cosas sean más seguras para los inversores. Y no hay seguridad en la inversión cinematográfica, pero a la gente le gusta creer que la hay; si puedes poner un final feliz y agradable allí, Hollywood lo hará. sentirse cómodo, eso es más seguro. Eso simplemente no es cierto en absoluto «.
Desde «The Zero Theorem», Gilliam finalmente terminó su larga película en producción «The Man Who Killed Don Quixote». Fue lanzado en 2018.