Paul Dini y Bruce Timm discutieron el origen de Harley Quinn con The Hollywood Reporter. Dini explicó su proceso para agregar el personaje a «Joker’s Favor». Él dijo:
«Mientras armaba la historia, pensé: ‘¿Qué tal si le damos a The Joker una chica en la pandilla esta vez y hacemos referencia a la serie de Adam West?’ Tenían Riddler, Joker, Penguin con sus propias secuaces. Yo era amiga de Arleen Sorkin, y pensé en un personaje parecido a su personalidad en ese momento, que era la rubia ágil y bromista. Estaba en casa enferma y tenía la TV encendida, y allí estaba ella en ‘Days of Our Lives’ interpretando a un bufón en una secuencia de fantasía. La vi corriendo con un traje de flautista de Hamelín y pensé: ‘Eso es un poco lindo'».
Después de eso, Sorkin, una parte vital para dar forma al personaje, fue la única mujer para el trabajo y continuaría dando voz a Harley en muchos más proyectos a lo largo de los años. Otros también han puesto su sello único en Harley, aunque la voz de Sorkin es la que la mayoría de los fanáticos siempre escucharán en sus cabezas.
Según Timm, Harley estaba destinada a ser un «personaje de una sola vez». Explicó a «Total Film», en una edición que se lanzará el 18 de agosto, «Su increíble popularidad realmente me llamó la atención». El artista no se dio cuenta de lo enorme que había crecido la base de fans de Harley hasta que notó que muchas más personas se vestían como el personaje en las convenciones, así como toda la mercancía que se vendía con su imagen.
Timm también habló sobre el aspecto característico de Harley, y señaló que no solo se inspiró en los arlequines tradicionales, sino que también se inspiró en algunos de los primeros personajes de cómics, como el Daredevil original, que protagonizó Lev Gleason Publications en la década de 1940. Le gustó la idea de un disfraz dividido por la mitad con un color diferente en cada lado.