Como describe el propio Cruise, él, De Palma y el guionista Steve Zaillian idearon la historia general de «Misión: Imposible» mientras Koepp comenzaba a escribir el guión. Esto fue después de que el estudio descartara un guión de Willard Huyck y Gloria Katz (como se detalla en la edición de diciembre de 1995 de Entertainment Weekly). En la misma pista de comentarios, Towne revela que el cronograma de filmación único de la película permitió que se abrieran pequeñas ventanas de tiempo, lo que permitió que se hicieran reescrituras sobre la marcha. Mientras se filmaban las tomas de efectos, él y la estrella de la película reelaboraban las escenas para filmarlas más tarde en la semana… o más tarde en el día. Towne describió el proceso así:
«Afortunadamente para mí al menos, y luego supongo que en última instancia para la película, lo que sucedió fue que lo primero que filmaron fue la pantalla azul, en el tren y todo lo demás. Y mientras eso sucedía, Tom y yo, repasábamos las escenas que iban a rodarse y yo las reescribía en medio de la noche. Y a veces incluso entre tomas».
Towne no revela cómo se suponía que se vería la película antes de las reescrituras, pero claramente, a él, o quizás solo a Cruise, no les gustó lo que estaba sucediendo. Un problema que surgió, según lo informado por CinemaBlend, fue un triángulo amoroso entre Ethan Hunt, su jefe Jim Phelps (Jon Voight) y la esposa de Phelps, Claire (Emmanuelle Béart). Evidentemente, George Lucas (!!!) vio la primera escena del triángulo amoroso y pidió personalmente que De Palma la quitara. Él hizo.
Como la mayoría de los éxitos de taquilla de Hollywood, mucha, mucha gente participó en el guión. Lo que podría haber sido un caos, extrañamente se mantuvo unido. Al menos lo suficientemente bien como para garantizar múltiples secuelas exitosas.