El creador de la serie fue muy criticado por el final de «Neon Genesis». Los fanáticos se quejaron de que no había suficiente acción y que la narración no tenía una conclusión satisfactoria. Anno respondió terminando su película «The End of Evangelion» con extrema violencia, matando a personajes queridos con muertes brutales. Al llevar su narrativa a nuevos extremos, contó una historia aún más apática y cínica. «The End» se hizo poco después del anime y se lanzó solo un año después de que se emitieran los episodios finales. Tanto la película como la serie terminan con Shinji concluyendo que valía la pena vivir la vida: el intento de Anno de superar su depresión.
Cuando Anno terminó de trabajar en «The End of Evangelion» en los años 90, no estaba satisfecho con el lugar donde había dejado las cosas. Le resultaba imposible pasar a nuevas ideas. «Cuando llegó el momento de trabajar en mi próximo proyecto, en ese momento, ‘Evangelion’ era la única opción», confesó a Collider. «Y de hecho traté de hacer varias cosas. Traté de planear un nuevo proyecto, pero la conclusión fue que podía hacer cosas interesantes con ‘Evangelion’ nuevamente».