Encontramos a Lincoln (Will Forte), Juana de Arco (Nicole Sullivan), JFK (Chris Miller) y Cleopatra (Mitra Jouhari) teniendo que coexistir con los nuevos chicos y descubriendo que la popularidad ha cambiado en las últimas dos décadas. Al igual que «21 Jump Street», el programa extrae muchos chistes fantásticos sobre la brecha generacional. La escuela está dirigida por la artista Frida Kahlo (Vicci Martínez), Harriet Tubman (Ayo Edebiri), quien está ansiosa por el legado que ella representa, el aspirante a influenciador Confucio (Kelvin Yu) y Topher Bus (Neil Casey), quien esconde el hecho de que es el clon de Cristóbal Colón.
Los primeros dos episodios se pusieron en marcha al continuar en su mayoría los arcos de los personajes de la primera temporada, específicamente Abe tratando de confesar su amor por Joan cuando ella entra en una relación con JFK. Algunas de las tramas aquí recuerdan a la primera temporada, como un episodio sobre exámenes parciales que se parece al episodio SAT de la temporada 1. Esto no va en detrimento de «Clone High», porque el programa aprovecha la oportunidad que brinda la naturaleza cíclica. de la vida escolar para mostrar nuevos ángulos sobre ideas anteriores, haciendo que la habitación de 20 años entre temporadas sea parte de la broma.
Por ejemplo, el primer episodio se trata de ser cancelado, ya que Lincoln se da cuenta de que ya no está bien decir ciertas cosas, mientras que la locura sexual de JFK se celebra como positivismo sexual. El programa no predica sobre la brecha generacional, pero encuentra humor en el repentino choque de culturas, incluso en los diseños de personajes, con los nuevos personajes con apariencia moderna y colores brillantes. Incluso hay nuevas referencias a la cultura pop, como un chiste exquisito que hace eco de «Malignant».