«The Matrix Reloaded» comienza con la tripulación del Nebuchadnezzar que finalmente llega a Zion, donde Neo es recibido con una reverencia divina. Los espectadores conocen el gobierno, la cultura y las costumbres de la ciudad. Dentro de Matrix, Niobe (Jada Pinkett Smith) convoca una reunión de capitanes para discutir un plan para detener el asalto que se avecina. Acuerdan que Neo debe consultar al Oráculo, quien le dice que debe llegar a la Fuente de Matrix si quiere evitar la destrucción de Zion. Su conversación es interrumpida por Smith, quien se ha regenerado gracias a algunos vestigios restantes de Neo que quedaron dentro de su código cuando Neo literalmente invadió su cuerpo y lo hizo estallar desde adentro en «The Matrix». Smith tiene una nueva habilidad para replicarse a sí mismo y revela que ya no sirve a las máquinas (ni a ningún otro maestro), y planea asimilar toda Matrix a su imagen.
En su búsqueda por encontrar la Fuente, Neo, Trinity y Morpheus se encuentran con tres programas importantes: Seraph (Collin Chou), que funciona como una especie de Captcha para acceder al Oráculo, Keymaker (Randall Duk Kim), el único que puede pasa por alto la seguridad alrededor de la Fuente, y el merovingio antes mencionado, que tiene como rehén al Keymaker y, como Smith, busca poseer los poderes del Oráculo. La historia de «Enter the Matrix» se superpone con la narrativa en este punto, siguiendo a Niobe y su equipo en una misión para desactivar una central eléctrica crucial en el camino de Neo para acceder a la Fuente.